Γενικά δεν είναι γνωστές πολλές λεπτομέρειες για τη ζωή της και οι πηγές τείνουν να δίνουν αντικρουόμενες πληροφορίες. Μερικές την ταυτίζουν με την [[Κλεοπάτρα Ε' της Αιγύπτου|Κλεοπάτρα Ε'Ε΄]], σύζυγο του φαραώ [[Πτολεμαίος ΙΒ' Αυλητής|Πτολεμαίου ΙΒ'ΙΒ΄ Αυλητή]], ενώ άλλες θεωρούν πως η τελευταία υπήρξε μητέρα της. Αιτία της σύγχυσης είναι η προσωνυμία "«Τρύφαινα"», που αποδίδεται και στις δύο.
Συγκεκριμένα, υπάρχει μια περίπτωση η Κλεοπάτρα Ε'Ε΄ να πέθανε κάπου το [[69 π.Χ.|69]] ή το [[68 π.Χ.]] γιατί το όνομά της αρχίζει να εξαφανίζεται από μνημεία και [[Πάπυρος|παπύρους]]. Ωστόσο μια Κλεοπάτρα Τρύφαινα αναφέρεται ως συμβασίλισσα της Αιγύπτου την περίοδο [[58 π.Χ.|58]] – [[57 π.Χ.]], η οποία και πέθανε το 57 π.Χ. Ο Πορφύριος υποστηρίζει πως η δεύτερη Κλεοπάτρα ήταν κόρη της πρώτης, που αναφέρεται από ορισμένους μελετητές ως Κλεοπάτρα Στ'ΣΤ΄. Να τονιστεί ότι η αρίθμηση των βασιλέων και βασιλισσών της πτολεμαϊκής Αιγύπτου είναι σύγχρονη επινόηση, ενώ στην εποχή τους διακρίνονταν από τις επωνυμίες τους. Από την άλλη μια αφιέρωση στον [[Ναός του Ίντφου|Ναό του Ίντφου]], που χρονολογείται το [[57 π.Χ.]], αναφέρει το όνομα της Κλεοπάτρας Τρύφαινας στο πλάι αυτού του Πτολεμαίου ΙΒ'ΙΒ΄, κάτι που ενισχύει την υπόθεση πως ήταν σύζυγος και όχι κόρη του φαραώ. Επίσης είναι απίθανο να συνέχιζε να κατονομάζεται στα μνημεία αν είχε πεθάνει δώδεκα χρόνια πριν. Την ταύτιση των δύο προσώπων υποστηρίζει ο [[Γεωγραφία|γεωγράφος]] [[Στράβων]], που μας παρέχει τα ονόματα τριών μόνο θυγατέρων του Πτολεμαίου ΙΒ'ΙΒ΄: τη [[Βερενίκη Δ'Δ΄ της Αιγύπτου|Βερενίκη Δ'Δ΄]], την [[Κλεοπάτρα Ζ'Ζ΄ της Αιγύπτου|Κλεοπάτρα Ζ'Ζ΄]] (τη διασημότερη Κλεοπάτρα της δυναστείας) και την [[Αρσινόη Δ'Δ΄ της Αιγύπτου|Αρσινόη Δ'Δ΄]].
