{{Main|Ένοπλες Δυνάμεις της Δημοκρατίας της Κιργιζίας|}}
Οι ένοπλες δυνάμεις του Κιργιστάν σχηματίστηκαν μετά από την διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης και αποτελούνται από τις Χερσαίες Δυνάμεις, την Πολεμική Αεροπορία, τις Εσωτερικές Δυνάμεις, την Εθνοφρουρά και τη Συνοριοφυλακή. Ο στρατός συνεργάζεται με τις Ένοπλες Δυνάμεις των [[ΗΠΑ]]. Οι τελευταίες νοίκιαζαν μια εγκατάσταση, το Κέντρο Διέλευσης στο ΜανάςΜανάτ στο Διεθνές Αεροδρόμιο ΜανάςΜανάτ κοντά στο Μπισκέκ, μέχρι τον Ιούνιο του 2014.<ref>{{cite web|url=http://www.stripes.com/news/first-troops-move-through-new-us-transit-point-in-romania-1.265698|title=First troops move through new US transit point in Romania|date=5 February 2014|website=www.stripes.com|publisher=Stars and Stripes|accessdate=5 February 2014|last1=Vandiver|first1=John}}</ref> Τα τελευταία χρόνια, οι ένοπλες δυνάμεις έχουν αναπτύξει καλύτερες σχέσεις με τη Ρωσία, και υπογράφηκε μία συμφωνία εκσυγχρονισμού, με κόστος 1,1 δισεκατομμύρια δολάρια. Επίσης, οι Κιργιζικές Ένοπλες Δυνάμεις συμμετέχουν σε περισσότερες ασκήσεις μαζί με ρωσικές δυνάμεις.<ref>{{cite web|url=https://www.theguardian.com/world/2014/sep/18/russia-tightens-control-over-kyrgyzstan|title=Russia tightens control over Kyrgyzstan|date=18 September 2014|work=[[The Guardian]]|author=Ott, Stephanie}}</ref> Το Γραφείο της Εθνικής Ασφάλειας συνεργάζεται με το στρατό και έχει παρόμοιους σκοπούς με τη σοβιετική προκάτοχό του, την [[KGB]]. Επίσης, έχει μία ειδική αντιτρομοκρατική ομάδα γνωστή ως <nowiki>''Άλφα''</nowiki>, που έχει το ίδιο όνομα με άλλες πρώην σοβιετικές χώρες, συμπεριλαμβάνοντας την Ρωσία και το Ουζμπεκιστάν. Η αστυνομία και η συνοριοφυλακή διευθύνονται από το Υπουργείο Εσωτερικών. Τον Ιούλιο του 2009 συμφωνήθηκε να μην κλείσει η αμερικανική βάση στο ΜανάςΜανάτ. Τη σχετική συμφωνία υπέγραψε ο πρόεδρος Μπακίγιεφ.<ref>[http://www.enet.gr/?i=issue.el.home&date=08/07/2009&id=61432 Ελευθεροτυπία], Κιργισία: Η βάση πάλι στις ΗΠΑ!, 8 Ιουλίου 2009.</ref>
