Ο Γιάννης Φακής έζησε και εργάστηκε στην Άνδρο, την Σαντορίνη και για το μεγαλύτερο μέρος της ζωής του στη συνοικία Κουκάκι στην Αθήνα. Κατά την περίοδο της δικτατορίας διέμεινε στη Ρώμη, στην οποία οδηγήθηκε λόγω των −όχι και τόσο αμφιλεγόμενων− φρονημάτων του. Υπήρξε σύζυγος της ζωγράφουεικαστικού [[Δέσποινα Ντέπη Φελουκατζή|ΔέσποιναςΝτέπης Φελουκατζή]] (1941-2015), με την οποία απέκτησε έναν γιο. Ο Κωστής Γκιμοσούλης στο αφήγημά του "Ο Μέσα και ο Έξω" (2016, Εκδόσεις Καστανιώτη) αναφέρεται στην γειτονική τους σχέση και στα όσα του εξιστόρησε ο Γιάννης Φακής κατά την περίοδο 2014 - 2016, βαπτίζοντάς τον "Κυναίγειρο". O Γιάννης Φακής έφυγε από την ζωή την Τετάρτη 14 Ιουνίου 2017<ref>{{Cite news|url=http://www.thetoc.gr/politismos/article/to-theatro-texnis-thrinei-tin-apwleia-tou-spoudaiou-ithopoiou-gianni-faki|title=Το Θέατρο Τέχνης θρηνεί την απώλεια του σπουδαίου ηθοποιού Γιάννη Φακή {{!}}thetoc.gr|date=2017-06-15|newspaper=The TOC|language=el-GR|accessdate=2017-06-18}}</ref> μετά από μάχη με τον καρκίνο. Τάφηκε στο κοιμητήριο Ζωγράφου με πολιτική τελετή.
