Ο Ναπολέων βρήκε τελείως ακατανόητη την ενέργεια της Πρωσσίας να στραφεί μόνη της εναντίον του, λόγω του ότι δε διέθετε τοπικούς συμμάχους και η Ρωσσία βρισκόταν ακόμη στο επίπεδοστάδιο της κινητοποίησηςεπιστράτευσης, ενώ από την πλευρά του η Μεγάλη Στρατιά βρισκόταν στην καρδιά της Γερμανίας κοντά στα πρωσσικά σύνορα. Έτσι με τα στρατεύματά του σχηματισμένα σε μια τεράστια τετράγωνη φάλαγγα εισέβαλε στην Πρωσσία θέλοντας να πετύχει μια νίκη ανάλογη του [[Μάχη του Άουστερλιτς|Άουστερλιτς]], προτού καταφθάσουν οι Ρώσσοι. Ο Βοναπάρτης πιστεύοντας ότι οι Πρώσσοι θα συγκέντρωναν τις δυνάμεις τους στην περιοχή της [[Ερφούρτη]]ς, σχεδίαζε να ωθήσει τις δυνάμεις του κάτω από την κοιλάδα του ποταμού Ζάαλε και να πλευροκοπήσει την αριστερή πτέρυγα του στρατού τους, αποκόπτοντάς τους τη γραμμή επικοινωνιών και υποχώρησης. Στις 9 Οκτωβρίου διεξήχθησαν οι μάχες του [[Μάχη του Σλάιτς|Σλάιτς]] και του [[Μάχη του Ζάαλφελντ|Ζάαλφελντ]], όπου οι στρατάρχες [[Ζαν Λαν|Λαν]]ς, [[Ζοακίμ Μυρά|Μυρά]] και [[Κάρολος ΙΔ΄ Ιωάννης της Σουηδίας|Μπερναντότ]] συνέτριψαν κάποιες πρωσσικές μεραρχίες, και ο δημοφιλής πρίγκιπας Λουδοβίκος Φερδινάνδος της Πρωσσίας σκοτώθηκε. Ωστόσο ο Λαν κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης των δυνάμεών του συνειδητοποίησε ότι κοντά στην πόλη της [[Ιένα]]ς υπήρχε ένας μεγάλος αριθμός πρωσσικών σωμάτων στρατού, στέλνοντας επιστολή στον Γάλλο αυτοκράτορα ότι ανακάλυψε τη θέση του κύριου στρατού των Πρώσσων. Έτσι, ο Ναπολέων διέταξε το 3ο και το 1ο Σώμα Στρατού υπό τη διοίκηση των στραταρχών [[Λουί Νικολά Νταβού|Νταβού]] και [[Κάρολος ΙΔ΄ Ιωάννης της Σουηδίας|Μπερναντότ]] αντίστοιχα, να προελάσουν προς το Νάουμμπουργκ (Naumburg) και ν΄ αποκόψουν την εχθρική γραμμή υποχώρησης.
