Το [[559]] ο Αυτοκράτορας Ιουστινιανός, θεραπευμένος από λιθίαση κάνοντας χρήση του νερού της Πηγής, ανακαίνησεανακαίνισε τοτον ναόΝαό αυτό με υλικά που είχαν περισσέψει από την [[Αγιά Σοφιά]]. Ο ανακαινισμένος ομως ναόςΝαός, κατέπεσε μετά από σεισμό όπου και ανοικοδόμησε εκ νέου η [[Ειρήνη η Αθηναία]]. Αλλά και μετά από νεότερη πτώση του, ανοικοδομήθηκε για τρίτη φορά από τον Αυτοκράτορα Βασίλειο τον Μακεδόνα. Αργότερα πυρπολήθηκε από τον αρχηγό των Βουλγάρων, Συμεών, όπου και αναγέρθηκε για 4η φορά από τον Ρωμανό τον Λεκαπηνό. Κατά τον 6ο αιώνα αποτελούσε ανδρώα Μονή στην οποία προσέρχονταν ο Αυτοκράτορας κάθε Πέμπτη της Αναλήψεως.
Στο περίβολο του ναούΝαού αυτού, έστησε τις σκηνές του το [[1424]] ο Σουλτάνος [[Μουράτ Β']]. Κατά την [[Άλωση της Κωνσταντινούπολης (1453)|Άλωση της Κωνσταντινούπολης]], ο ναόςΝαός καταστράφηκε και το αγίασμαΑγίασμα καλύφθηκε. Αργότερα όμως επετράπη στους Χριστιανούς να αποκαλύψουν το αγίασμαΑγίασμα και να επανιδρύσουν μικρό [[προσκύνημαΠροσκύνημα]]. Το [[1732]], οι Αρμένιοι προσπάθησαν να υφαρπάξουν το προσκύνημα πλην, όμως, οι Έλληνες χριστιανοίΧριστιανοί διέσωσαν το δικαίωμα της κατοχής τους. Το [[1825]] καταστράφηκε από τους [[γενίτσαροι|γενίτσαρους]] και το [[1827]] ανευρέθηκε η Ιερά εικόναΕικόνα της Θεοτόκου εικονιζόμενη υπέρ της Ζωοδόχου Πηγής. Μετά απ΄ αυτό, το [[1830]] ο Σουλτάνος επέτρεψε την νέα ανοικοδόμηση (5η φορά) του Ναού όπως σήμερα διασώζεται, επί Οικουμενικού Πατριάρχη [[Κωνστάντιος Α΄|Κωνσταντίου Α΄]] όπου καί εγκαινιάσθηκε μετά από πέντε χρόνια.
[[Αρχείο:Ζωοδόχος Πηγή του Μπαλουκλή Αγιασμα Εικονα.jpg|μικρογραφία|Ζωοδόχος Πηγή του Μπαλουκλή, ΑγιασμαΑγίασμα, ΕικοναΕικόνα]]
Σήμερα στην αυλή της Ζωοδόχου Πηγής βρίσκονται οι τάφοι των [[Οικουμενικός Πατριάρχης|Οικουμενικών Πατριαρχών]]. Το δε αγίασμαΑγίασμα, βρίσκεται στον υπόγειο Ναό και αποτελείται από μαρμαρόκτιστη πηγήΠηγή, το νερό της οποίας θεωρείται [[αγιασμός|αγιασμένο]]. Απ' εδώ διαδόθηκε ο τύπος της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής σε όλο τον ορθόδοξοΟρθόδοξο κόσμο. Είναι αξιοσημείωτο ότι ψηφιδωτή παράσταση της εικόναςΕικόνας σώζεται στον εσωνάρθηκα της Μονής της Χώρας.
Σε ανάμνηση των εγκαινίων του Ναού από τον Αυτοκράτορα Λέοντα, η Εκκλησία καθιέρωσε την κατ΄ έτος εορτήΕορτή της Ζωοδόχου Πηγής, την Παρασκευή της ΔιακαινήσίμουΔιακαινησίμου Εβδομάδας.
