Το [[μόριο]] του υδροφθοροϋπεροξειδίου περιέχει συνολικά [[4 (αριθμός)|τέσσερα (4)]] [[Άτομο|άτομα]] από [[3 (αριθμός)|τρία (3)]] διαφορετικά [[Χημικό στοιχείο|χημικά στοιχεία]]. Συνγκεκριμένα αποτελείται από ένα (1) άτομο υδρογόνου, δύο (2) άτομα οξυγόνου και ένα (1) φθορίου. Ο μοριακός τύπος της ένωσης γράφεται '''FHO<sub>2</sub>''', αν τα χημικά στοιχεία που την αποτελούν γραφούν κατ' [[Αλφάβητο|αλφαβητική]] σειρά, '''HFO<sub>2</sub>''', αν μπρειμπει πρώτα το υδρογόνο και τα υπόλοιπα μπουν κατ' αλφαβητική σειρά και '''HO<sub>2</sub>F''', αν τα χημικά στοιχεία μπουν κατά σειρά αύξουσας [[Ηλεκτραρνητικότητα|ηλεκτραρνητικότητας]]. Ο τελευταίος τύπος συμπίπτει με τη γραμμική περιγραφή της μοριακής δομής, δηλαδή τα τέσσερα (4) άτομα της ένωσης συνδέονται κατά σειρά ως εξής: '''H-O-O-F''', σε [[Επίπεδο|επίπεδη]] [[τεθλασμένη]] [[Γωνία|γωνιακή]] διάταξη. Μπορεί να θεωρηθεί ότι το μόριο της ένωσης αποτελείται από δύο (2) ομάδες: Ένα [[υδροξύλιο]] (OH) και ένα φθοροξύλιο (OF). Συνολικά περιέχει τρεις (3) [[Ομοιοπολικός δεσμός|ομοιπολικούς δεσμούς]]: H-O, O-O και O-F. Η ένωση μπορεί να σχηματίσει διαμοριακούς [[Δεσμός υδρογόνου|δεσμούς υδρογόνου]], περιέχοντας μάλιστα ένα (1) δότη (H) και τρεις (3) δέκτες (O, O, F).
