Με τον Ανδρέα Παπανδρέου απέκτησαν τέσσερα παιδιά, τον [[Γεώργιος Παπανδρέου (νεότερος)|Γιώργο]], τη [[Σοφία Παπανδρέου|Σοφία]], τον [[Νίκος Παπανδρέου|Νίκο]] και τον [[Αντρίκος Παπανδρέου|Αντρίκο Παπανδρέου]].
[[Αρχείο:Aankomst Margarita Papandreou (echtgenote Griekse premier op Schiphol, links Sin, Bestanddeelnr 933-9131.jpg|μικρογραφία]]
Καναδά.
Μετά την μόνιμη εγκατάστασή τους στην Ελλάδα το 1961, η σχέση τους πέρασε κρίση καθώς ο Ανδρέας Παπανδρέου είχε ερωτική σχέση με την Έπη Σκιαδαρέση, τη νεαρή σύζυγο του γνωστού μηχανικού και εργολάβου Γιώργου Σκιαδαρέση, που ήταν παλιός συμμαθητής του στο Κολλέγιο Αθηνών.<ref name="ReferenceA">Γιώργος Λακόπουλος, το μυθιστόρημα του ΠΑΣΟΚ: πολιτικό αφήγημα, 1999, σελίδες 41-43</ref> Το θέμα πήρε και μεγάλες πολιτικές διαστάσεις όταν το 1964 η κυβέρνηση της [[Ένωσις Κέντρου|Ένωσης Κέντρου]] ανέθεσε το καινούριο σχέδιο πόλεως της Πάτρας στον Γιώργο Σκιαδαρέση.<ref name="ReferenceA"/> Παρ'όλα αυτά, μετά την επιβολή της [[Χούντα των Συνταγματαρχών|χούντας των συνταγματαρχών]] η Μαργαρίτα Παπανδρέου κινητοποιήθηκε αποτελεσματικά για να μπορέσει να εξασφαλίσει την απελευθέρωση του συζύγου της τον Δεκέμβριο του 1967, με τον οποίο στη συνέχεια εγκαταστάθηκαν αρχικά στην [[Στοκχόλμη]] της Σουηδίας και μετέπειτα στο [[Τορόντο]] του Καναδά.
Μαργαρίτα.
Στην Στοκχόλμη ο Ανδρέας Παπανδρέου είχε ερωτική σχέση με την Σουηδέζα ηθοποιό και τηλεπαρουσιάστρια Ragna Nyblom, με την οποία μάλιστα απέκτησε και μία κόρη εκτός γάμου, αλλά συνέχισε να είναι επίσημα παντρεμένος με την Μαργαρίτα.
Μεταπολιτευτικά, η σχέση του ζεύγους συνέχισε να αντιμετωπίζει προβλήματα καθώς ο Ανδρέας Παπανδρέου είχε αρχικά ερωμένη την ανηψιά του [[Αριστοτέλης Ωνάσης|Αριστοτέλη Ωνάση]] Μαριλένα Πατρονικόλα και στη συνέχεια την αεροσυνοδό του πρωθυπουργικού αεροσκάφους [[Δήμητρα Λιάνη]].
Τελικά η Μαργαρίτα Παπανδρέου συμφώνησε να δώσει διαζύγιο ώστε να παντρευτεί ο Ανδρέας Παπανδρέου την Δήμητρα Λιάνη.
Ίδρυσε και διετέλεσε για οχτώ χρόνια πρόεδρος της [[Ένωση Γυναικών Ελλάδας|Ένωσης Γυναικών Ελλάδας]] (Ε.Γ.Ε.). Έλαβε ενεργό μέρος σε γυναικεία θέματα και θέματα ειρήνης με την Οργάνωση Win Peace. Είναι επίσης συγγραφέας πολλών άρθρων και βιβλίων.
