Όταν άρχισε ο [[ΒΠΠ|Δεύτερος Παγκόσμιος Πόλεμος]] ο Μπρούνερ συνέχισε τη δράση του στην Αυστρία, εκτοπίζοντας αυτή τη φορά περίπου 47.000 Εβραίους σε διάφορα [[Ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης|στρατόπεδα συγκέντρωσης]] και συνέχισε τη δράση του μετατιθέμενος στο [[Βερολίνο]]. Δεν άργησε όμως να μετατεθεί και πάλι, αυτή τη φορά στη [[Θεσσαλονίκη]] ως επικεφαλής του "Ειδικού Τμήματος της Αστυνομίας Ασφαλείας για τα εβραϊκά ζητήματα Θεσσαλονίκης-Αιγαίου" (Sonderkommado den Sicherheitspolizei für Judenangelegenheiten Saloniki-Ägäis) μαζί με τον ομόβαθμό του Ντίτερ Βισλιτσένι ([[:en:Dieter Wisliceny|Dieter Wisliceny]]).<ref>[[#Κουζ2005|Κουζινόπουλος (2005)]], σ. 47</ref>{{efn|Στην ιστοσελίδα της [http://www.webcitation.org/5vB0OhDVY Holocaust Education & Archive Research Team] αναφέρεται ότι στη Θεσσαλονίκη είχε σταλεί ο συνεπώνυμος και ομόβαθμός του Άντον Μπρούνερ. Eίχε συμμετάσχει στις απελάσεις από την Βιέννη, αλλά δεν ήταν μέλος των Ες-Ες.<ref>[[#Κουζ2005|Κουζινόπουλος (2005)]], σ. 100.</ref> Πριν το [[Προσάρτηση της Αυστρίας|'Ανσλους]] ο Άντον Μπρούνερ, που είχε γεννηθεί στην Κροατία το 1898, ήταν μέλος του Σοσιαλδημοκρατικού Κόμματος.<ref>[[#Safr2010|Safrian (2010)]], σ. 45.</ref>}}
Ο Μπρούνερ επέδειξειεπέδειξε και πάλι τις οργανωτικές του ικανότητες. Από τις πρώτες ημέρες της παρουσίας του εκεί, υποχρεώθηκαν όλοι οι Εβραίοι να φορούν κίτρινα αστέρια και να σημαίνουν ως "εβραϊκά" τα καταστήματά τους. Την ίδια περίοδο δημιουργήθηκαν και δύο [[γκέτο]] στα οποία μεταφέρθηκαν όλες οι εβραϊκές οικογένειες. Μετά από διαταγή του Άιχμαν στις 10 Μαρτίου 1943,<ref>[[#Κουζ2005|Κουζινόπουλος (2005)]], σ. 56.</ref> από τις 15 Μαρτίου και έπειτα οργάνωσε συρμούς με κλειστά φορτηγά βαγόνια, καθένας από τους οποίους χωρούσε 2.800 άτομα, απευθείας προς το [[Στρατόπεδο συγκέντρωσης Άουσβιτς|Άουσβιτς]]. Όσο βρισκόταν ο Μπρούνερ στην Θεσσαλονίκη, έφυγαν από αυτή 18 τέτοιοι συρμοί, μεταφέροντας 45.324 άτομα.<ref>[[#Safr2010|Safrian (2010)]], σσ. 165-167.</ref> Έχοντας καταστρέψει αρχεία, εγκαταστάσεις λατρείας, ακόμη και αυτό το νεκροταφείο των ΣεφαρδιτώνΣεφαραδιτών Εβραίων της Θεσσαλονίκης, κατάφερε μέσα σε έξι εβδομάδες να καταστρέψει μια από τις πλέον μακραίωνες (η κοινότητα των Εβραίων της Θεσσαλονίκης αριθμούσε περίπου 60.000 άτομα και υπήρχε επί πέντε αιώνες) και δραστήριες εβραϊκές κοινότητες στην Ευρώπη.
