Κατά τη διάρκεια του [[Εθνικός Διχασμός|Εθνικού Διχασμού]] πήρε το μέρος του βασιλέα [[Κωνσταντίνος Α΄ της Ελλάδας|Κωνσταντίνου Α΄]] εναντίον του [[Ελευθέριος Βενιζέλος|Βενιζέλου]]. Παρέμεινε στην Πάτρα μέχρι το Μάιο του 1917, όταν και επέστρεψε στην [[Αθήνα]] για να διοικήσει τη Σχολή Ευελπίδων που είχε ανοίξει ξανά. Μετά τον εξαναγκασμό του βασιλιά Κωνσταντίνου σε εξορία τον Ιούνιο του 1917 και την ανάληψη της ηγεσίας του κράτους από τον Βενιζέλο, ο Βλαχόπουλος, ως φιλοβασιλικός, ετέθη σε διαθεσιμότητα και ακολούθως σε αναγκαστική συνταξιοδότηση.
Μετά την ήττα των βενιζελικών στις [[Ελληνικές βουλευτικές εκλογές 1920|εκλογές του 1920]], ανακλήθηκε στην ενεργό υπηρεσία και τοποθετήθηκε στη θέση του αρχηγού [[ΓΕΣ]]. Σύντομα όμως ζήτησε και μετατέθηκε σε επιχειρησιακή διοίκηση στη [[Μικρά Ασία]], όπου διοίκησε το [[Γ΄ Σώμα Στρατού (Ελλάδα)|Γ΄ Σώμα Στρατού]] (Ιανουάριος-Μάιος 1921), και το [[Β΄ Σώμα Στρατού (Ελλάδα)|Β΄ Σώμα Στρατού]] (Μάιος-Ιούλιος 1921). Κατόπιν τοποθετήθηκε επικεφαλής της Ανωτέρας Γενικής Στρατιωτικής Διοίκησης Μικράς Ασίας, η οποία κάλυπτε τις περιοχές των μετόπισθεν της Στρατιάς Μικράς Ασίας, και τον Ιούνιο 1922 αποσπάστηκε στην [[Ανατολική Θράκη]], όπου ανέλαβε τη διοίκηση του [[Δ΄ Σώμα Στρατού (Ελλάδα)|Δ΄ Σώματος Στρατού]]. Μετά την ήττα του Ελληνικού Στρατού στη Μικρά Ασία από τους Τούρκους τον Αύγουστο 1922, απαλλάχθηκε από την άσκηση ενεργούς διοίκησης και ετέθη σε διαθεσιμότητα το Νοέμβριο του 1923. Τελικώς, συνταξιοδοτήθηκε το Μάρτιο 1928 οπότε έφτασε το καθορισθέν όριο ηλικίας.
