Οι πληθυσμοί που ανταλλάχτηκαν δεν ήταν ομοιογενείς, οι χριστιανοί οι οποίοι μετανάστευσαν στην Ελλάδα δεν ήταν αποκλειστικά ελληνόφωνοι αλλά περιλάμβαναν και ομιλητές της τουρκικής. Παρομοίως, οι μουσουλμάνοι οι οποίοι μετανάστευσαν στην Τουρκία δεν ήταν αποκλειστικά τουρκόφωνοι, αλλά περιλάμβαναν ομιλητές της αλβανικής, της βουλγαρικής, της βλάχικης και ακόμα και της ελληνικής γλώσσας (αλλά μουσουλμάνοι στο θρήσκευμα).<ref>{{cite book |author=Biray Kolluoglu |title=Excesses of nationalism: Greco-Turkish population exchange |publisher=Journal of the Association for the Study of Ethnicity and nationalism |year=2013 |pages=538 |DOI=10.1111/nana.12028 }}</ref> Αυτό οφειλόταν στο σύστημα οργάνωσης της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και συγκεκριμένα στο σύστημα διοίκησης των οθωμανικών [[Μιλέτ]] όπου ο διαχωρισμός γινόταν με βάση την θρησκευτική ομάδα όπου ανήκε ο πολίτης <ref name="olga_demetriou_pomakness">{{cite journal | url=http://www.azinlikca.net/pdfs/thesis/The_uncertainty_of_Pomakness_in_the_urban_Greek_Rhodoppe.pdf | title=Prioritizing ‘ethnicities’: The uncertainty of Pomak-ness in the urban Greek Rhodoppe | author=Olga Demetriou | journal=Ethnic and Racial Studies | year=2004 | month=January | volume=27 | issue=1 | pages=95–119 | doi=10.1080/0141987032000147959}}</ref>. Οι μουσουλμάνοι στην Δυτική Θράκη, πριν την ανταλλαγή των πληθυσμών, αποτελούσαν ξεκάθαρη πλειονότητα των κατοίκων και αυτή η αναλογία άλλαξε όταν η ελληνική κυβέρνηση εγκατέστησε με συστηματικό τρόπο χριστιανικούς προσφυγικούς πληθυσμούς από την Μικρά Ασία και την Ανατολική Θράκη<ref name="cloggs_muslim_minority_exchange_thrace_p86_87">{{cite book | title=Minorities in Greece: Aspects of a Plural Society | author=Richard Clogg | year=2002 | publisher=C. Hurst & Co. Publishers | pages=86-7 | isbn=9781850657064 | url=http://books.google.gr/books?id=-71s8jEHWJsC&lpg=PP1&ots=nB8_vq_5Va&hl=el&pg=PA86#v=onepage&q&f=false}} </ref>.
Από την συνθήκη της Λωζάνης (1923) μέχρι το 1954 η Ελλάδα αναγνώριζε την μειονότητα ως μουσουλμανική. Την άνοιξη του 1954, σταόταν πλαίσιακατά συνεργασίαςτον μεΨυχρό τηνΠόλεμο κρίθηκε προτιμότερο να θεωρούνται όλοι οι μουσουλμάνοι Τούρκοι (η Τουρκία ήταν σύμμαχος χώρα του ΝΑΤΟ) για να αποφευχθεί ο κίνδυνος να εγκολπώσει τους σλαβόφωνους Πομάκους η κομμουνιστική Βουλγαρία <ref>Νικόλαος Κόκκας: Γιατί υπάρχουν (ακόμα) μειονοτικά σχολεία στη Θράκη; url=http://pomakohoria.blogspot.com/2011/05/blog-post_04.html</ref>, η Ελλάδα επικύρωσε απόφαση σύμφωνα με την οποία αναγνώριζε τα σχολεία της μειονότητας ως τουρκικά.<ref> {{cite book|title=Muslim Identity and the Balkan State|year=1997|publisher=C. Hurst & Co|location=United Kingdom|isbn=1-85065-276-7|pages=85|url=http://books.google.gr/books?id=lQqHjwW6XzcC&pg=PA85&lpg=PA85#v=onepage&q&f=false|author=Hugh Poulton, Suha Taji-Farouki}} </ref><ref>{{cite journal|last=Stefanos|first=Stavros|title=Cultural Rights for National Minorities: Covering the Defict in the Protection Provided by the European Convention on Human Rights|journal=IALS Bulletin|year=1997|volume=25|pages=9}}</ref> Ο νόμος 3065/1954 (ΦΕΚ Α’ 239, 9.10.1954) ήταν ο πρώτος νόμος που ρύθμιζε τα θέματα της μειονοτικής εκπαίδευσης ο οποίος ισχύει μέχρι σήμερα.<ref>{{cite web|last=Huseyinoglu|first=Ali|title=The Development of Minority Education at the South - easternmost Corner of the EU: The Case of Muslim Turks in Western Thrace, Greece|url=http://sro.sussex.ac.uk/39339/1/Huseyinoglu,_Ali_%28secured%29.pdf|publisher=University of Sussex|page=163|year=2012}} </ref> Στο Νόμο αυτό η Ελλάδα αναγνωρίζει τα σχολεία της μειονότητας ως τουρκικά.<ref>{{cite journal|title=Νομοθετικό Διάταγμα 3065 "Περί τρόπου ιδρύσεως και λειτουργίας Τουρκικών Σχολείων Στοιχειώδους Εκπαιδεύσεως Δυτικής Θράκης και ρυθμίσεως ζητημάτων τινών αφορώντων εις την εποπτείαν αυτών και τους Επιθεωρητάς Τουρκικών σχολείων Δυτικής Θράκης."|journal=Εφημερίδα της Κυβέρνησης|year=1954|month=9 Οκτωβρίου|volume=Α|issue=239|url=http://www.et.gr/idocs-nph/search/pdfViewerForm.html?args=5C7QrtC22wE718tTQ1NEEHdtvSoClrL8CDdq5QSx9YJ5MXD0LzQTLWPU9yLzB8V68knBzLCmTXKaO6fpVZ6Lx3UnKl3nP8NxdnJ5r9cmWyJWelDvWS_18kAEhATUkJb0x1LIdQ163nV9K--td6SIuetA609OEJbJ0G8ZtfwZWBm5Mae_-NJTm1pPlXqhbIHF}}</ref> Η αλλαγή του χαρακτηρισμού από Τουρκικά σε Μουσουλμανικά ή Μειονοτικά (Μ/ΚΑ) θεσπίστηκε τον Μάρτιο του 1972 κατά την διάρκεια της [[Χούντα των Συνταγματαρχών|Χούντας]] όπου αποφασίστηκε να αλλάξουν όλες οι πινακίδες που ανέφεραν τα σχολεία ως "Τουρκικά" <ref>{{cite book|last=Tsitselikis|first=Konstantinos|title=Old and new Islam in Greece : from historical minorities to immigrant newcomers|year=2012|publisher=Martinus Nijhoff Publishers|location=Leiden|isbn=978-9004221529|pages=511|url=http://books.google.gr/books?id=FdqRdctzEXcC&pg=PA511#v=onepage&q&f=false}}</ref>. Ο χαρακτηρισμός των Πομάκων ως Τούρκων ήταν στα πλαίσια πολιτικής κατά της κομμουνιστικής [[Βουλγαρία|Βουλγαρίας]] και της πιθανής επεκτατικής πολιτικής στη [[Θράκη]] και τη [[Μακεδονία (ελληνικό γεωγραφικό διαμέρισμα)|Μακεδονία]].
Οι [[Πομάκοι]] μέχρι το τέλος της δεκαετίας του 1940 θεωρούνταν από την ελληνική πολιτική ως πιθανοί συνεργάτες της [[Σόφια|Σόφιας]] και των Σοβιετικών μιας και αυτοί βρίσκονται στα σύνορα Ελλάδας-Βουλγαρίας και μιλάνε σλαβική γλώσσα, κοντινή με τα βουλγάρικα και για αυτό εφαρμόστηκε πολιτική τουρκοποίησης. Σήμερα πολλοί Πομάκοι, λόγω αυτής της πολιτικής αυτοπροσδιορίζονται ως Τούρκοι.
