Στην εξέλιξη της ιστορίας, ο όρος "Ουιγούροι" έχει πάρει έναν όλο και περισσότερο διασταλτικό ορισμό. Αρχικώς δήλωνε ένα μικρό συνασπισμό φυλών των Γκάο-τσε/Τιέλε (συνομοσπονδία 9 τουρκικών φυλών <ref>{{cite book|last1=editor|first1=Colin Mackerras|last2=translator|title=The Uighur empire : according to the T'ang dynastic histories : a study in Sino-Uighur relations, 744-840|date=1972|publisher=Australian national university press|location=Canberra|isbn=978-0708104576|page=1|edition=2nd edition revised and expanded.}}</ref>) στη Βόρεια Κίνα, [[Μογγολία]] και τα [[Οροσειρά Αλτάι|Όρη Αλτάι]], αργότερα όμως υποδήλωνε την υπηκοότητα στο [[Χανάτο των Ουιγούρων]]. Τελικώς ο όρος επεκτάθηκε δηλώνοντας μια εθνότητα της οποίας οι ρίζες βρίσκονται στην πτώση του Χανάτου των Ουιγούρων το 842 μ.Χ., που προκάλεσε τη μετανάστευση των Ουιγούρων από τη Μογγολία στο Λεκανοπέδιο Ταρίμ. Το μεταναστευτικό αυτό ρεύμα αφομοίωσε και αντικατέστησε τους [[ινδοευρωπαϊκές γλώσσες|Ινδοευρωπαίους]] στην περιοχή και δημιούργησε μια ξεχωριστή ταυτότητα, καθώς η γλώσσα και η κουλτούρα των Τούρκων μεταναστών, εκτόπισε τελικώς τις αρχικές ινδοευρωπαϊκές επιρροές. Ο ρευστός αυτός ορισμός των Ουιγούρων και η διαφορετική γενεαλογία των σημερινών Ουιγούρων αποτελούν πηγή σύγχυσης σχετικά με το τι συνιστά την πραγματική ουιγουρική εθνογραφία και εθνογένεση.
Οι σύγχρονοι ιστορικοί θεωρούν τους σημερινουσημερινούς Ουιγούρους απόγονους πολλών λαών όπως των αρχαίων Ουιγούρων της Μογγολίας που έφτασαν στο Λεκανοπέδιο Ταρίμ μετά την πτώση του Χανάτου των Ουιγούρων, Ιρανικές φυλές Σακά αλλά και άλλων Ινδο-ευρωπαίων που κατοίκησαν στο λεκανοπέδιο Ταρίμ πριν την έλευση των Μογγόλων Ουιγούρων <ref name="xinjiang">{{cite book |author=James A. Millward and Peter C. Perdue |year=2004 |chapter=Chapter 2: Political and Cultural History of the Xinjiang Region through the Late Nineteenth Century |title= Xinjiang: China's Muslim Borderland |editor = S. Frederick Starr |publisher= M. E. Sharpe |pages= 40–41 |url=http://books.google.com/books?id=GXj4a3gss8wC&pg=PA40&dq#v=onepage&q&f=false |isbn= 978-0-7656-1318-9 }}</ref> Αναλύσεις DNA δείχνουν ότι οι λαοί της Κεντρικής Ασίας όπως οι Ουιγούροι είναι μίξη Καυκάσιων και Ανατολικών Ασιάτων.<ref name="Celtic">{{cite news|first =|last =|coauthors =|title = The mystery of China's celtic mummies|url = http://www.independent.co.uk/news/world/asia/a-meeting-of-civilisations-the-mystery-of-chinas-celtic-mummies-413638.html|work = [[The Independent]]|date = August 28, 2006|accessdate = 2008-06-28|location=London}}</ref> Οι ακτιβιστές Ουιγούροι θεωρούν ότι είναι ιθαγενείς της περιοχής και απόγονοι απότων νεκρών που έχουν βρεθεί στις [[Μούμια|μούμιες]] του Ταρίμ. Από την άλλη έρευνα στην γενετική των αρχαίων Ταρίμ και των σχέσεων με τους σύγχρονους Ουιγούρους δείχνει αμφιλεγόμενες απόψεις. Λόγω των εθνοτικών αυτονομιστικών τάσεων στην περιοχή, σε αυτές τις έρευνες εμπλέκονται και αξιωματούχοι Κινέζοι αλλά και Ουιγούροι ακτιβιστές οι οποίοι θεωρούν ότι το αποτέλεσμα των ερευνών μπορεί να επηρεάσει τους ισχυρισμούς τους ότι είναι αυτόχθονες στην περιοχή.<ref>{{cite web|url=http://www.khaleejtimes.com/DisplayArticleNew.asp?section=todaysfeatures&xfile=data/todaysfeatures/2005/april/todaysfeatures_april37.xml |title=Genetic testing reveals awkward truth about Xinjiang's famous mummies |publisher=Khaleejtimes.com |date=2005-04-19 |accessdate=2011-08-28}}</ref><ref>{{cite news| url=http://www.nytimes.com/2008/11/19/world/asia/19mummy.html?_r=1 | work=The New York Times | first=Edward | last=Wong | title=The Dead Tell a Tale China Doesn't Care to Listen To | date=2008-11-19}}</ref>
[[File:Khotan-mercado-d27.jpg|thumb|350px|Ουιγούροι στην αγορά της πόλης Χοτάν της Σιντσιάνγκ]]
