Με παρέμβαση του [[Ανδρέας Τζήμας|Ανδρέα Τζήμα]] στα τέλη του 1945 επιστρέφει κρυφά στην Αθήνα. Το βράδυ της 16ης Μαΐου 1946 συλλαμβάνεται συμπτωματικά στην οδό Αιόλου και προσάγεται σε δίκη και φυλακίζεται.<ref>Χαριτόπουλος (2003), σελ. 774-776</ref>.
Καταδικάστηκε το 1947 από στρατοδικείο "δις εις θάνατον" για την εκτέλεση του περιβόητου δοσίλογου και καταδότη φαρμακοποιού Παναγιώτη Δρίβα από το Πολύδροσο (Σουβάλα) Φωκίδας στις 15 Αυγούστου 1942, καθώς και σε 20 χρόνια φυλακή σε άλλη δίκη, και φυλακίστηκε. Σύμφωνα με όλα τα διαθέσιμα στοιχεία, ο Δρίβας επέστρεφε στο σπίτι του, επιβάτης σε τρίκυκλη μοτοσυκλέτα την οποία οδηγούσε Ιταλός στρατιώτης, όταν έπεσε στην ενέδρα των ανταρτών στη γέφυρα του Κηφισσού, μεταξύ Πολυδρόσου και Λιλαίας. Σύμφωνα με τον Γιώργο Χουλιάρα - Περικλή που συμμετείχε στην επιχείρηση (βλ. «Ο Δρόμος είναι Άσωτος»), ιταλικό στρατιωτικό απόσπασμα απέδωσε τιμές στην κηδεία του Δρίβα (το οποίο αποτελεί ωμή παραδοχή ότι ήταν δοσίλογος), αλλά αυτό δεν επηρρέασε την κρίση του δικαστηρίου που καταδίκασε το Νικηφόρο μεσούντος του εμφυλίου πολέμου. Μετά από αγώνα του πατέρα του Νικόλαου Δημητρίου, ο οποίος προσκόμισε μαρτυρικές καταθέσεις των ηγετών της βρετανικής αποστολής Κρις Γουντχάουζ και του Έντυ Μάγιερς για την πολεμική δράση του Νικηφόρου αλλά και για το ιστορικό του δοσίλογου για τον οποίον επεβλήθη η καταδίκη, η θανατική ποινή μετετράπη σε ισόβια κάθειρξη (Αύγουστος 1948). Είναι αξιοσημείωτο ότι ο πλούσιος φαρμακοποιός Παναγιώτης Δρίβας αναφέρεται σε επίσημα έγγραφα του μετεμφυλιακού κράτους ως «αγωνιστής», πιθανότατα για να εξασφαλιστεί σύνταξη στους οικείους του. Σύμφωνα με προφορική μαρτυρία του παλαίμαχου αντάρτη του 2ου συντάγματος του ΕΛΑΣ Δημητρίου Ζωμένου από την 'Αμφισσα, ο Θύμιος Δεδούσης σχεδίαζε να δολοφονήσει τον Νικηφόρο μέσα στηνστη φυλακή το 1946.
