Του ΑγίουςΑγίου Ιωάννη Βατάτζη του Ελεήμονος η μνήμη ετιμάτο με ιδιαίτερη ευλάβεια από τους μικρασιατικούς πληθυσμούς μέχρι και τις αρχές του 20ού αιώνα. Η μνήμη του Αγίου-Αυτοκράτορα διατηρήθηκε μέχρι τους νεότερους χρόνους, κυρίως στη μητρόπολη της [[Έφεσος|Εφέσου]]. Το 14ο αιώνα ο επίσκοπος Πελαγονίας Γεώργιος συνέγραψε τον ''Βίον του αγίου Ιωάννου βασιλέως του Ελεήμονος'' σε μορφή συναξαρίου, ενώ του αποδόθηκαν πολλά θαύματα. Στον επίσκοπο Γεώργιο πιθανόν βασίστηκε και ο [[Νικόδημος ο Αγιορείτης]] (1749-1809), ο οποίος κατά παραγγελία του μητροπολίτη Εφέσου συνέταξε ακολουθία προς τιμήν του Αγίου-Αυτοκράτορα. Η Εκκλησία δεν τον αναγνώρισε επίσημα ως άγιο, ωστόσο στα μηναία αναφέρεται η μνήμη του «Ιωάννη Δούκα Βατάτζη» στις [[4 Νοεμβρίου]]. Στο [[Διδυμότειχο]] έχει ανεγερθεί το [[2010]] ο πρώτος ναός αφιερωμένος στον άγιο Ιωάννη Βατάτζη.
