Ο [[Θεόδωρος Β΄ Λάσκαρης|Θεόδωρος Β΄ Λάσκαρης Βατάτζης]] πέθανεαπεβίωσε τον Αύγουστο του 1258. Ο Ιωάννης ήταν τότε μόλις οκτώ ετών. Για τον λόγο αυτό ο πατέρας του είχε φροντίσει να αναθέσει την επιμέλεια του κράτους και την φροντίδα του ανήλικου γιου του στον [[Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως|πατριάρχηΠατριάρχη]] [[Αρσένιος Αυτωρειανός|Αρσένιο Αυτωρειανό]] και τον [[πρωτοβεστιάριος|πρωτοβεστιάριο]] [[Γεώργιος Μουζάλων|Γεώργιο Μουζάλωνα]]. Η απόφαση αυτή του Θεόδωρου B΄ είχε δυσαρεστήσει τον στρατηγό [[Μιχαήλ Η΄|Μιχαήλ Παλαιολόγο]], ο οποίος είχε την υποστήριξη του στρατού και πολλών ευγενών. Εννέα ημέρες μετά τον θάνατο του Θεόδωρου B΄, ο Μουζάλων δολοφονήθηκε από τους στρατιωτικούς και ο Παλαιολόγος έλαβε τον τίτλο του [[Δούκας|δούκα]], ως κηδεμόνας του ανήλικου Ιωάννη.
Μέσα σε τέσσερις μήνες ο Παλαιολόγος κατόρθωσε να προαχθεί σε [[δεσπότης|δεσπότη]] και τέλος τιτλοφορήθηκε συμβασιλέας του Ιωάννη. Η στέψη έγινε την 1η Ιανουαρίου 1260. Με απαίτηση του Παλαιολόγου στέφθηκε μόνον αυτός αυτοκράτορας, ο δε Ιωάννης αποφασίστηκε να στεφθεί αργότερα, όταν θα ενηλικιωνόταν.
Στις 26 Ιουλίου του 1261 όμως ο καίσαρας [[Αλέξιος Στρατηγόπουλος]] ελευθέρωσε την [[Κωνσταντινούπολη]] από τους [[Φράγκοι|Φράγκους]], και στις 15 Αυγούστου ο [[Μιχαήλ Η΄|Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγος]] στέφτηκε στην [[Αγία Σοφία (Κωνσταντινούπολη)|Αγία Σοφία]] αυτοκράτοραςΑυτοκράτορας των Ρωμαίων, αγνοώντας εντελώς τον Ιωάννη Δ΄. Αργότερα, στις 25 Δεκεμβρίου του ίδιου έτους, στην επέτειο των ενδέκατων γενεθλίων του, ο Μιχαήλ Η΄ διέταξε να τυφλώσουν τον Ιωάννη Δ΄, ώστε να μην μπορέσει ποτέ να απειλήσει την δυναστεία των Παλαιολόγων. Γι' αυτήν την ενέργεια ο Μιχαήλ Η΄ αφορίστηκε από τον [[Αρσένιος Αυτωρειανός|Πατριάρχη Αρσένιο]], ενώ αργότερα προκλήθηκε επανάσταση από τον ΨευδοιωάννηΨευδοϊωάννη κοντά στην Νίκαια.
Ο Ιωάννης Δ΄ πέρασε το υπόλοιπο της ζωής του ως μοναχός έως τοντο θάνατότέλος του στατο 1305. Κατά την μοναστική του ζωή τον επισκέφθηκε ο γιος και διάδοχος του Μιχαήλ H΄, ο Ανδρόνικος Β΄, ζητώντας με ταπεινοσύνη συγγνώμη για το έγκλημα, που είχε διαπράξει ο πατέρας του.
