[[Αρχείο:20090426 Kifissos river under the highway view Athens.jpg|thumb|330px|Ο Κηφισός κάτω από την εθνική οδό Αθηνών - Λαμίας.]]
Μέχρι και το [[2000]], η έλλειψη σχεδιασμού και υλοποίησης κατάλληλων υποδομών αντι-πλημυρρικήςπλημμυρικής προστασίας, σε συνδυασμό με την έντονη ανοικοδόμηση εκατέρωθεν της κοίτης, διατηρούσαν σε υψηλά επίπεδα τον κίνδυνο πρόκλησης [[Πλημμύρα|πλημμυρών]] κάθε φορά που σημειώνονταν έντονες [[Βροχή|βροχοπτώσεις]], οι οποίες είχαν ποικίλες επιπτώσεις στους κατοίκους των γύρω περιοχών και τις περιουσίες τους.
Στις αρχές της δεκαετίας του 2000, και στο πλαίσοπλαίσιο των μεγάλων τεχνικών έργων που προωθήθηκαν εν όψει των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας του 2004, προχώρησε ο εγκιβωτισμός του Κηφισού σε μήκος 13 χιλιομέτρων, δηλαδή η κατασκευή μεγάλου αγωγού από οπλισμένο σκυρόδεμα (μπετόν) για την διοχέτευση των νερών από το ύψος της Νέας ΦιλαδέφειαςΦιλαδέλφειας μέχρι τις εκβολές του στον Φαληρικό όρμο. Το τεχνικό αυτό έργο εξυπηρετούσε και την κατασκευή αυτοκινητόδρομου (τμήματος της Εθνικής Οδού Αθηνών - Λαμίας) πάνω από τον ποταμό. Το έργο αυτό επέλυσε μεν το ζήτημα των πλημμυρών, αλλά είχε τεράστιες περιβαλλοντικές επιπτώσεις, καθώς αφάνισε την φυσική κοίτη και τα πρανή του ποταμού σε μεγάλο μέρος της συνολικής του διαδρομής και συνεπώς κατέστρεψε το [[οικοσύστημα]] που υπήρχε στο τμήμα αυτό.
Παρά το γεγονός ότι ψηφίστηκε από το [[Βουλή των Ελλήνων|ελληνικό Κοινοβούλιο]] νόμος που απαγορεύει την εγκατάσταση βιομηχανιών κοντά στον ποταμό και την ρίψη σκουπιδιών, δεν υπήρξαν αρκετές προσπάθειες αστυνόμευσης.{{πηγή}}
