Με την άφιξη του νέου ισχυρού στρατεύματος η πολιορκία ξανάρχισε σφοδρότερη. Παρόλα αυτά μέχρι τον Φεβρουάριο του 1826 οι Τούρκοι δεν είχαν σημειώσει καμία επιτυχία. Ο [[Ανδρέας Μιαούλης]] με τον στόλο του κατάφερνε να ανεφοδιάζει το Μεσολόγγι και η άμυνα των πολιορκημένων παρέμενε ισχυρή.
Από τον Μάρτιο όμως η κατάσταση άρχισε να αλλάζει με κατάληψη από τους Τούρκους στρατηγικών νησίδων της λιμνοθάλασσας, όπως το [[Βασιλάδι Αιτωλοακαρνανίας|Βασιλάδι]] και ο Ντολμάς. '''Οι Έλληνες κατάφεραν να διατηρήσουν τον έλεγχο της νησίδας Κλείσοβα μετά από μία σφοδρή [[μάχη της Κλείσοβας|μάχη]], στην οποία τα στρατεύματα του Ιμπραήμ είχαν πολύ βαριές απώλειες. Όμως η δυνατότητα του ελληνικού στόλου να ανεφοδιάσει την πόλη είχε καταστεί αδύνατη, με αποτέλεσμα οι αμυνόμενοι να βρεθούν σε δυσχερέστατη θέση. Η κατάσταση στην πόλη έγινε δραματική και η πείνα άρχισε να θερίζει τους κατοίκους. Μπροστά σε αυτή την κατάσταση το συμβούλιο των οπλαρχηγών και προκρίτων της πόλης πήρε την απόφαση για την έξοδο των κατοίκων από το Μεσολόγγι. Η έξοδος ορίστηκε για την νύχτα του Σαββάτου του Λαζάρου με ξημερώματα Κυριακής των Βαΐων, μεταξύ 10ης και 11ης Απριλίου 1826. Το σχέδιο της εξόδου πιθανότατα προδόθηκε, μάλλον από αυτόμολο ξένο<ref>Ο [[Σπυρίδων Τρικούπης]] αναφέρει έναν "''αλλοεθνή''", ενώ κατ΄ άλλους (εφημερίδες "''Φίλος του Νόμου''" της [[Ύδρα]]ς και "''Γενική Εφημερίς του Ναυπλίου''") πιθανολογείται αυτόμολος [[Βουλγαρία|βουλγαρικής]] ή [[Σερβία|σέρβικης]] εθνικότητας</ref>, με αποτέλεσμα οι τουρκοαιγύπτιοι να απαντήσουν με σφοδρή επίθεση που συνοδεύτηκε από σφαγή. Χιλιάδες Έλληνες σφαγιάστηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν και μόνο 1.500 κατάφεραν να διασωθούν.'''
Χάρις στον [[Νικόλαος Κασομούλης|Κασομούλη]] γνωρίζουμε την εσωτερική ιστορία της πολιορκίας.<ref>[[Κωνσταντίνος Δημαράς]], «Ελεύθεροι πολιορκημένοι», στο: Κ.Θ.Δημαράς, Σύμμικτα Α' Από την παιδεία στην λογοτεχνία, (επιμ.Αλέξης Πολίτης), Σπουδαστήριο Νέου Ελληνισμού, Αθήνα, 2000, σελ.135
