Ο '''Ηρακλής Πτολεμαΐδας''' ιδρύθηκε το [[1991|1990]] και συμμετείχε στο τοπικό πρωτάθλημα της [[Δυτική Μακεδονία|Δυτικής Μακεδονίας]]. Το αντρικό τμήμα αποτέλεσε τη μία εκ των δύο ομάδων (η άλλη ήταν ο [[Εορδαϊκός]]), οι οποίες το 2004 συγχωνεύθηκαν για να δημιουργηθεί μια νέα ομάδα, η ΠΑΕ [[Πτολεμαΐδα-Λιγνιτωρύχοι]]. Η νέα ομάδα τον Αύγουστο του 2007 μετονομάστηκε εκ νέου σε ΤΑΠ, αλλά διαλύθηκε και μέχρι το 2011 η ακαδημία λειτουργούσε μόνο με τα τμήματα υποδομής. Το 2011 δημιουργήθηκε ξανά η αντρική ομάδα με την ονομασία της ακαδημίας και παραμένει ως έχει παίζοντας στην [[Ά Ερασιτεχνική κατηγορία της ΕΠΣ Κοζάνης]].