Τα επόμενα πέντε χρόνια κυριάρχησαν συνεχείς πόλεμοι με τους Βούλγαρους. Ο ίδιος ο Ισαάκιος ανέλαβε προσωπικά πολλές εκστρατείες, παρά το ότι οι περισσότερες ήταν περιορισμένες·, κατάφερα κάποια πλήγματα στους επαναστάτες ωστόσο σε μια από αυτές (1190) ο Ισαάκιος σώθηκε την τελευταία στιγμή.<ref>Chisholm, Hugh, ed. (1911). "Isaac II. (Angelus)"</ref> Ακολούθησε η πιο οδυνηρή ήττα των Βυζαντινών από τους Βούλγαρους στην ''μάχη της Αρκαδιούπολης'' (1194). Την επόμενη χρονιά, ενώ ο Ισαάκιος Β΄ ετοίμαζε νέα εκστρατεία εναντίον των Βουλγάρων (1195), η οποία ήταν σε συνεργασία με το Βασίλειο της Ουγγαρίας και είχε μεγάλες πιθανότητες επιτυχίας, ο μεγαλύτερος αδελφός του, ο [[Αλέξιος Γ΄ Άγγελος]] εκμεταλλεύτηκε την απουσία του αδελφού του σε κυνήγι για να τον ανατρέψει και να ανακηρυχτεί νέος Αυτοκράτορας με την υποστήριξη του στρατού.<ref>Chisholm, Hugh, ed. (1911). "Isaac II. (Angelus)"</ref> Ο Ισαάκιος Β΄ Άγγελος τυφλώθηκε και φυλακίστηκε στην Κωνσταντινούπολη.<ref>Chisholm, Hugh, ed. (1911). "Isaac II. (Angelus)"</ref>