Κατά τη διάρκεια της έρευνας για την [[Υπόθεση Novartis]], με δημόσια τοποθέτηση του δήλωσε ότι γνωρίζει προσωπικά τους προστατευόμενους μάρτυρες για το οικονομικό [[Υπόθεση Novartis|σκάνδαλο]], κάτι που έγειρε ερωτήματα για ενδεχόμενη παρέμβαση πολιτικών του ΣΥΡΙΖΑ στην Ελληνική δικαιοσύνη.<ref>{{Cite news|url=http://www.kathimerini.gr/947534/article/epikairothta/politikh/o-k-polakhs-gnwrizei-to-profil-twn-agnwstwn-martyrwn|title=Ο κ. Πολάκης γνωρίζει το προφίλ των άγνωστων μαρτύρων, Της Εύας Καραμανώλη {{!}} Kathimerini|language=el|accessdate=2018-02-08}}</ref><ref>{{Cite news|url=http://www.skai.gr/news/politics/article/366327/nd-thesmika-adianoiti-i-paradohi-polaki-oti-gnorizei-tous-martures/|title=ΝΔ: Θεσμικά αδιανόητο ότι ο Πολάκης γνωρίζει τους μάρτυρες - Δίαυλος επικοινωνίας|last=ΣΚΑΪ|language=el|accessdate=2018-02-08}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://news.in.gr/greece/article/?aid=1500196777|title=Πολάκης: Στελέχη της Novartis οι προστατευόμενοι μάρτυρες|website=in|language=el|accessdate=2018-02-08}}</ref>
