Ο Μάθιου Ντέιβιντ ΜακΚόναχι γέννηθηκεγεννήθηκε στις 4 Νοεμβρίου 1969 στο [[Τέξας]]. Η μητέρα του, Μαίρη Κάθλιν (γεννημένη ως ΜακΚέιμπ το 1932), είναι πρώην δασκάλα σε παιδικό σταθμό και δημοσιευμένη συγγραφέας που δίδαξε τον ΜακΚόναχι. Η καταγωγή της ήταν από το Τρέντον του [[Νιου Τζέρσεϊ]]. Ο πατέρας του, Τζέιμς Ντόναλντ ΜακΚόναχι, ήταν από την [[Λουιζιάνα]] και διηύθυνε μια πετρελαϊκή εταιρεία ; έπαιζε στις ποδοσφαιρικές ομάδες των κολλεγίων Kentucky Wildcats και Ηouston Cougars. Το 1953 ο πατέρας του αποβλήθηκε στον 27ο γύρο από τους Green Bay Packers του NFL. Αποσύρθηκε προτού ξεκινήσει η σεζόν και δεν έπαιξε ποτέ σε ένα επίσημο παιχνίδι στο NFL.
Οι γονείς του ΜακΚόναχι παντρεύτηκαν συνολικά τρεις φορές, έχοντας πάρει δυο φορές διαζύγιο. Έχει δυο μεγαύτερουςμεγαλύτερους αδερφούς : τον Μάικλ Πάτρικ ΜακΚόναχι (γεννημένος το 1954) και τον Πάτρικ Τζέιμς ΜακΚόναχι (γεννημένος το 1963, υιοθετημένος). Ο Μάικλ είναι ένας αυτοδημιούργητος εκατομμυριούχος ο οποίος πρωταγωνιστεί στην σειρά ντοκιμαντέρ του CNBC ''West Texas Investors Club''.
Η καταγωγή του ΜακΚόναχι είναι αγγλική, γερμανική, ιρλανδική και σουηδική. Μεγάλωσε ως μεθοδιστής.
