Το 1925, ιδιαίτερα ιδρύθηκε στη [[Σοβιετική Ένωση]] ο Σύνδεσμος των Άθεων Μαχητών ο οποίος κατεύθυνε μια πανσοβιετική εκστρατεία κατά των οργανωμένων θρησκειών. Οι ακραίες θέσεις της οργάνωσης οδήγησαν ακόμη και τη σοβιετική κυβέρνηση να αρνηθεί οποιαδήποτε άμεση σχέση με τις πρακτικές της<ref>[http://www.answers.com/topic/league-of-the-militant-godless Russian History Encyclopedia: League of The Militant Godless]</ref>.
Κατά την εποχή του Μεσοπολέμου το πατριαρχείο της Ρωσίας πρακτικά έπαυσε να ελέγχει τις ρωσικές ενορίες που που υπήρχαν στο εξωτερικό. Πολλές από αυτές (στη Φινλανδία, Βαλτικές Χώρες και Πολωνία) άφησαν το ρωσικό πατριαρχείο και υπήχθησαν στο πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Μερικές μητροπόλεις (όπως π.χ. του Παρισιού) έκαναν ενέργειες αναξαρτητοποίησης και μετατροπής τους σε Εξαρχείες. Το πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως παραχώρησε αυτοκεφαλία στην Ορθόδοξη Εκκλησία της Πολωνίας.
Μετά την εισβολή της Γερμανίας στη Σοβιετική Ένωση (22 Ιουν. 1941) το ρωσικό πατριαρχείο ανέκτησε τη δικαιοδοσία του επί των ρωσικών ενοριών του εξωτερικού, για λόγους πολιτικούς. Η Μόσχα θέλησε να προβάλλει τον πατριάρχειπατριάρχη Σέργιο (Στραγκορόντσκι) ως τον μόνο νόμιμο (κανονικό) ηγέτη της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας παγκοσμίως. Το "κονκορδάτο" (συμφωνία) του 1943 μεταξύ του Στάλιν και του Πατριάρχη Σεργίου θεωρείται σταθμός στη μεταπολεμική επέκταση της παγκόσμιας δικαιοδοσίας της Ρωσικής Εκκλησίας. Ο πατριάρχης και οι υποστηρικτές του πρόβαλαν την εικόνα μιας πατριωτικής Εκκλησίας που υπεραμύνεται του αυτόχθονα λαού και μάχεται για εδαφική και κανονική ακεραιότητα. Μέσω αυτής της πολιτικής, το Ρωσικό Πατριαρχείο κέρδισε την αναγνώριση από την Εκκλησία της Αγγλίας και διάφορες οργανώσεις Ρώσων εμιγκρέδων, όπως και από τα πατριαρχεία Αλεξανδρείας, Αντιοχείας και Ιερουσαλήμ. Μετά τον θάνατο του Σεργκέι τον Μάιο του 1944, η πολιτική του συνεχίστηκε από τον πατριάρχη Αλέξιο (Σιμάνσκι). Ο τελευταίος προσπάθησε να θέσει υπό τη δικαιοδοσία του τις μεγάλες ρωσικές εκκλησίες των Παρισίων και της Βόρειας Αμερικής. Αν και αυτό δεν επιτεύχθηκε, πάντως διατήρησε καλές σχέσεις και επικοινωνία με αυτές και επέκτεινε την επιρροή του. Μετά τον Β' ΠΠ το καθεστώς του Στάλιν επιχείρησε να συγκαλέσει μια "Όγδοη Οικουμενική Σύνοδο", μια απόπειρα για ένα "Ορθόδοξο Βατικανό", ιδέα που όμως απέτυχε. Το 1948 έγινε εφικτή μια παν-ορθόδοξη σύνοδος των Εκκλησιών που ανήκαν στις λεγόμενες Λαϊκές Δημοκρατίες. Αυτή χρησιμοποιήθηκε για την ισχυροποίηση του πατριαρχείου και του σοβιετικού καθεστώτος στις χώρες της Ανατολικής Ευρώπης υπό κομμουνιστικό καθεστώς. Η παραδοσιακή ιστοριογραφία θεωρεί ότι η υποστήριξη του σοβιετικούς κράτους προς την Εκκλησία οφείλεται κυρίως για λόγους πατριωτικούς και χάριν εθνικής άμυνας. Μετά την διάλυση της ΕΣΣΔ και το άνοιγμα των κρατικών αρχείων, νεώτερες ιστορικές μελέτες έριξαν νέο φως σ' αυτή την περίοδο της ιστορίας της Εκκλησίας. Κατά τους Ρώσους σύγχρονους ιστορικούς, απλά η Ρωσική Εκκλησία μετά τον πόλεμο απλά ανέκτησε την κανονική δικαιοδοσία της σε εδάφη που της ανήκαν από αιώνες (Ουκρανία, Βαλτικές Χώρες, Αν. Πολωνία κ.ά.). Οι μη-Ρώσοι ιστορικοί εξετάζουν το θέμα ως διεθνές. Πιστεύουν δηλαδή ότι η συμφωνία του πατριάρχη με τον Στάλιν έγινε προς αμοιβαίο όφελος. Ο μεν πρώτος επέκτεινε τη δικαιοδοσία τους σε ενορίες και πιστούς στις προσαρτημένες χώρες στα δυτικά της Σοβ. Ένωσης, ο δε δεύτερος επέκτεινε επίσης την πολιτική επιρροή του.<ref>[https://books.google.gr/books?id=oEOLBQAAQBAJ&printsec=frontcover&hl=el&source=gbs_ge_summary_r&cad=0#v=onepage&q&f=false Daniela Kalkandjieva, The Russian Orthodox Church 1917-1948. From Decline to Resurrection. Routledge, 2015]</ref>
