Παραιτήθηκε στις 5 Δεκεμβρίου 2019, έπειτα από δημοσιεύματα που αποκάλυπταν ότι δεν είχε λάβει μεταπτυχιακό από το [[πανεπιστήμιο Κολούμπια]], όπως υποστήριζε.<ref>{{Cite web|url=https://www.kalami.us/2019/omogeneia/diamataris-columbia.html|title=ΚΑΛΑΜΙ {{!}} Διαματάρης και...Columbia Universty|website=www.kalami.us|accessdate=2019-12-05}}</ref> Αργότερα διευκρίνισε<ref>{{Cite web|url=http://www.polispress.gr/τι-απαντά-ο-υφ-εξωτερικών-α-διαματάρης/|title=Τι απαντά ο υφ. Εξωτερικών Α. Διαματάρης στον ΣΥΡΙΖΑ για το Columbia και το βιογραφικό του {{!}} PolisPress|website=www.polispress.gr|language=el|accessdate=2019-12-04}}</ref> ότι είχε παρακολουθήσει μαθήματα (μεταπτυχιακό) στο πανεπιστήμιο χωρίς όμως να αποφοιτήσει<ref>{{Cite news|url=https://www.protothema.gr/politics/article/906762/dendias-diamataris-varvitsiotis-i-nea-igesia-tou-upourgeiou-exoterikon/|title=Δένδιας, Διαματάρης, Βαρβιτσιώτης η νέα ηγεσία του Υπουργείου Εξωτερικών|last=|first=|work=[[Πρώτο Θέμα]]|date=8 Ιουλίου 2019|page=protothema.gr|archive-url=|archive-date=|accessdate=8 Ιουλίου 2019|via=}}</ref> και να λάβει κάποιο τίτλο σπουδών από το Πανεπιστήμιο. Αμφιβολίες διατυπώθηκαν και για τις προπτυχιακές σπουδές του.<ref>{{Cite web|url=https://www.efsyn.gr/politiki/antipoliteysi/221754_haritsis-den-yparhei-os-fainetai-oyte-ptyhio-toy-k-diamatari|title=Χαρίτσης: Δεν υπάρχει ως φαίνεται ούτε πτυχίο του κ. Διαματάρη|website=Η Εφημερίδα των Συντακτών|language=el-GR|accessdate=2019-12-04}}</ref> Ακόμη είχε επικριθεί για τον διορισμό ως μετακλητό του πρώην διευθύνοντα σύμβουλο της [[Ελληνική Αεροπορική Βιομηχανία|Ελληνικής Αεροπορικής Βιομηχανίας]] Τάσο Φιλιππάκο, που είχε καταφύγει στις ΗΠΑ όταν ασκήθηκαν διώξεις για τα σκάνδαλα στην ΕΑΒ.<ref>{{Cite web|url=https://www.news247.gr/politiki/paraitithike-o-diamataris-apodekti-i-paraitisi-apo-mitsotaki.7544473.html|title=Παραιτήθηκε ο Διαματάρης - Όλο το παρασκήνιο|website=www.news247.gr|language=el|accessdate=2019-12-05}}</ref>
