Στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορίας 2016-17 συμμετείχαν 16 ομάδες. Όλες οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια ανακυρήχθηκεανακηρύχθηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Οι τρεις πρώτες ομάδες προβιβάστηκαν στο πρωτάθλημα [[Β΄ κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου 2017-18|Β΄ κατηγορίας 2017-18]]. Οι τρεις τελευταίες ομάδες υποβιβάστηκαν στο πρωτάθλημα [[Επίλεκτη κατηγορία ΣΤΟΚ 2017-18]].<ref>{{Cite web|url = http://www.cfa.com.cy/images/DownloadsGr/PROKIRIXI%20G%20KATIGORIAS%202016-2017.pdf|title = Προκήρυξη Πρωταθλήματος Γ΄ Κατηγορίας 2016/17|accessdate = 2016-06-13|publisher = [[Κυπριακή Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου|ΚΟΠ]]|archiveurl = https://www.webcitation.org/6iEZKmvhv?url=http://www.cfa.com.cy/images/DownloadsGr/PROKIRIXI%20G%20KATIGORIAS%202016-2017.pdf|archivedate = 2016-06-13|url-status = dead}}</ref>
