Το τμήμα Χάντμπολ της Α.Ε.Κ. δημιουργήθηκε το 2005, επί διοίκησης Αχιλλέα Κουρέπη. Η ομάδα προήλθε από απορρόφηση του [[Γ.Σ. Ηλιούπολης (σύλλογος Αττικής)|Γ.Σ. Ηλιούπολης]] και έτσι αγωνίστηκε άμεσα στο πρωτάθλημα της Α1. Ο Γιάννης Αρβανίτης ανέλαβε προπονητήsπροπονητής της Ένωσης από την πρώτη μέρα. Στην πρώτη παρουσία της στην [[Πρωτάθλημα Ελλάδας χειροσφαίρισης ανδρών|Α1 Εθνική]] κατηγορία, ''<u>την περίοδο 2005–06</u>'', η Α.Ε.Κ. τερμάτισε στην 8η θέση του πρωταθλήματος. ''<u>Την περίοδο 2006–07</u>'', με έφορο τον Νίκο Γεωργαντζόγλου, βγήκε τρίτη στο πρωτάθλημα κερδίζοντας τη συμμετοχή της στην Ευρώπη για πρώτη φορά στην ιστορία της. ''Έτσι την επόμενη χρονιά'', η Α.Ε.Κ. αντιμετώπισε σε διπλούς αγώνες την Δυναμό Βουκουρεστίου στα πλαίσια του [[Κύπελλο Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας χειροσφαίρισης ανδρών|EHF Cup]]. Στο πρώτο αγώνα στην Ρουμανία ηττήθηκε με 36-22 και στην ρεβάνς της Αθήνας νίκησε για 1 γκολ και αποκλείστηκε από την συνέχεια του θεσμού. ''<u>Την περίοδο 2008–09,</u>'' πάλι με έφορο τον Νίκο Γεωργαντζόγλου, ήρθε η πρώτη επιτυχία της ομάδας με την κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδος κόντρα στο Φίλιππο Βέροιας. Σε εκείνο τον τελικό-θρίλερ στις Σέρρες, η Α.Ε.Κ. είχε επικρατήσει με 31-29 μετά από δύο παρατάσεις. ''Την επόμενη σεζόν'' η ομάδα τερμάτισε τέταρτη στο πρωτάθλημα ενώ ήθελε να επαναλάβει πάλι την κατάκτηση του Κυπέλλου στη Λαμία, αλλά τελικά αποκλείστηκε λόγω σοβαρών επεισοδίων που δημιούργησαν οι οπαδοί της με οπαδούς του [[Π.Α.Ο.Κ. (χειροσφαίριση ανδρών)|Π.Α.Ο.Κ]].
=== Καθιέρωση στους ισχυρούς του αθλήματος (2010–σήμερα) ===
