Ο Νικόλαος Α΄ Σανούδος παντρεύτηκε την Ιωάννα ντε Μπριέν από τοντου [[Οίκος ντε Μπριέν|ΟίκοΟίκου ντετης Μπριέν]], κόρηθυγατέρα του [[Ούγος του Μπριέν|Ούγου τουτης Μπριέν]] και της δεύτερης συζύγου του [[Ελένη Αγγελίνα Κομνηνή|Ελένης Αγγελίνας Κομνηνής]]. Η Ιωάννα ήταν μικρότερη ετεροθαλής αδελφή του δούκα των Αθηνών [[Γκωτιέ Ε΄ του Μπριέν]] και θεία του [[Γκωτιέ ΣΤ΄ του Μπριέν]] τελευταίου δούκα των Αθηνών από τον Οίκο ντετης Μπριέν. Δεν απέκτησαν παιδιά και τον διαδέχθηκε ο δεύτερος αδελφός του [[Ιωάννης Α΄ Σανούδος|Ιωάννης]]. Ο μικρότερος αδελφός του [[Μάρκος Σανούδος, κύριος της Μήλου|Μάρκος]] έγινε Άρχοντας της [[Μήλος|Μήλου]].
