</ref> παρά τις επιφυλάξεις του [[Σοφοκλής Βενιζέλος|Σοφοκλή Βενιζέλου]] για τυχόν χρήση τους σε κομμουνιστική εξέγερση.<ref>Σημείωμα Καραμανλή (τέλη δεκαετίας ’60), Καραμανλής, τόμος 1, σελ. 72</ref> Εντός ενός έτους επαναπατρίστηκαν 486.000 πρόσφυγες, ενώ άλλοι 236.000 ανέμεναν επαναπατρισμό.{{πηγή}}
Καθώς διακρίθηκε για τη διοικητική του ικανότητα, το επόμενο βήμα του, μετά την επανεκλογή του ως βουλευτή Σερρών στις [[Ελληνικές βουλευτικές εκλογές 1950|εκλογές του Μαρτίου του 1950]], όπου το [[Λαϊκό Κόμμα]] ηττήθηκε, ήταν η ανάληψη του [[Υπουργείο Εθνικής Άμυνας (Ελλάδα)|υπουργείου Εθνικής Άμυνας]] για βραχύ διάστημα (Σεπτέμβριος-Νοέμβριος 1950) σε νέα βραχύβια [[Κυβέρνηση Σοφοκλή Βενιζέλου Σεπτέμβριος 1950|κυβέρνηση συνασπισμού Λαϊκών-Φιλελευθέρων]]. Αποχώρησε από το Λαϊκό Κόμμα τοτον Νοέμβριο του 1950. Κατόπιν διάφορων εσωκομματικών κινήσεων, προσχώρησε τελικά στο κόμμα του «[[Ελληνικός Συναγερμός|Ελληνικού Συναγερμού]]», που ίδρυσε ο στρατάρχης [[Αλέξανδρος Παπάγος]] τον Αύγουστο του 1951, με τον οποίο και επανεξελέγη βουλευτής Σερρών τοτον Σεπτέμβριο του 1951 και τοτον Νοέμβριο του 1952, οπότε ο Συναγερμός επικράτησε στις [[Ελληνικές βουλευτικές εκλογές 1952|εκλογές]] με συντριπτική κοινοβουλευτική πλειοψηφία. Στο διάστημα αυτό ο Καραμανλής ήταν πλέον αρκετά διακεκριμένος, αλλά όχι ακόμα πρώτης σειράς κοινοβουλευτικός. Το σύντομο πέρασμά του από το υπουργείο Εθνικής Άμυνας συνιστούσε διάκριση, αλλά πρέπει να συνυπολογιστεί ότι ο στρατός ήταν θεσμικά αυτόνομος υπό τον αρχιστράτηγο Παπάγο και ο πολιτικός έλεγχος των ενόπλων δυνάμεων ανύπαρκτος. Στη συνέχεια ο Καραμανλής είχε πρωταγωνιστήσει στην αναζήτηση εναλλακτικού κομματικού σχήματος στοστον συντηρητικό πολιτικό χώρο, συμμετείχε μάλιστα στην ηγετική ομάδα του [[Λαϊκόν Ενωτικόν Κόμμα|Λαϊκού Ενωτικού Κόμματος]], μαζί με τους [[Στέφανος Χ. Στεφανόπουλος|Στέφανο Στεφανόπουλο]] και [[Παναγιώτης Κανελλόπουλος|Παναγιώτη Κανελλόπουλο]], αλλά όπως και ο ίδιος ο Καραμανλής παραδεχόταν, το εγχείρημα δεν είχε απήχηση στο εκλογικό σώμα.Οικαι οι συμμετέχοντες επιβίωσαν πολιτικά μόνο αφότου ο στρατάρχης Παπάγος αναμίχτηκε προσωπικά στην πολιτική ως επικεφαλής νέας πολιτικής κίνησης.
Ο Καραμανλής δεν ανήκε στοστον στενό κύκλο συνεργατών του Παπάγου, ούτε στην ηγετική ομάδα του Συναγερμού, στην οποία δέσποζε αρχικά ο [[Σπυρίδων Μαρκεζίνης]] και κατόπιν ο Στεφανόπουλος και ο Κανελλόπουλος.
