Στις 22 Δεκεμβρίου 1349 εισήλθε θριαμβευτικά στην Τραπεζούντα μαζί με τη μητέρα του και τους υποστηρικτές του. και τον επόμενο μήνα στιςΣτις 21 Ιανουαρίου 1350, έχοντας λάβει και επίσημα πλέον το όνομα Αλέξιος Γ' , στέφθηκε στο ναούναό του Αγίου Ευγένιου, την ημέρα της μνήμης του Αγίου.<ref>{{Cite book|title=Πανάρετος, Χρονικόν. σελ. 277|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref> Ο νέος αυτοκράτορας γιαΓια να διασφαλίσει τη θέση του, ο νέος αυτοκράτορας υποχρέωσε τον προκάτοχοπροκάτοχό του Μιχαήλ να καρεί μοναχός και τον περιόρισε στη μονή του Αγίου Σάβα. <ref>{{Cite book|title=Πανάρετος, Χρονικόν. σελ. 276|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref> Για να ενδυναμώσει ακόμα περισσότερο τις στενές του σχέσεις με την Κωνσταντινούπολη, ο νεαρός ηγεμόνας παντρεύτηκε στις 20 Σεπτεμβρίου 1351 τη Θεοδώρα Καντακουζηνή, μικρανιψιά του Ιωάννη Στ΄ Καντακουζηνού και κόρη του [[σεβαστοκράτωρ|σεβαστοκράτορα]] [[Νικηφόρος Καντακουζηνός (σεβαστοκράτωρ)|Νικηφόρου Καντακουζηνού]], πρώτου εξαδέλφου του βυζαντινού αυτοκράτορα.<ref>{{Cite book|title=Πανάρετος, Χρονικόν. σελ. 277-278|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref><ref>{{Cite book|title=D.M. Nicol, Family. σελ. 143-144. Στην πρεσβεία που στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη το 1351 προς αναζήτηση νύφης για τον αυτοκράτορα συμμετείχε ο εκθρονισμένος αυτοκράτορας Μιχαήλ και ο "τατάς" Μιχαήλ Σαμψών|first=|last=|publisher=|isbn=|year=|location=|page=|quote=}}</ref>
