Στη διάρκεια αυτής της τετραετίας, κατά την οποία η Σάμος αντιπάλεψε με τα ιστορικά τετελεσμένα των ευρωπαϊκών Συνθηκών και Πρωτοκόλλων, ο Λυκούργος κατέστησε εκούσια και βαθμιαία το σαμιακό λαό, όχι απλά συνδιαμορφωτή και συνυπεύθυνο της εξωτερικής πολιτικής της πατρίδας του, αλλά πρωταγωνιστή των τελικών αποφάσεων ή κινήσεων στις οποίες προέβη ή επρόκειτο να προβεί.
==Τα τελευταία χρόνια==
Μετά τη βίαιη επέμβαση των [[Οθωμανική Αυτοκρατορία|οθωμανικών]] στρατευμάτων στη [[Σάμος|Σάμο]] με την ανοχή των [[Μεγάλες Δυνάμεις|Μεγάλων Δυνάμεων]], ο Λυκούργος εγκαταλείπειεγκατέλειψε το Διοικητήριο (10/22 Μαΐου 1834) και αναχωρείαναχώρησε οριστικάριστικά από τη Σάμο (Ιούνιος). Δύο μήνες αργότερα (22 Αυγούστου) επιβάλλεταιεπιβλήθηκε το ηγεμονικό καθεστώς, και η Σάμος καθίσταταικατέστη [[Αυτονομία|αυτόνομη]] ''Ηγεμονία'', φόρου υποτελής στον [[Οθωμανική Αυτοκρατορία|Οθωμανό]] [[Σουλτάνος|σουλτάνο]], με διορισμένο χριστιανό πρίγκιπαπρίγκηπα-ηγεμόνα. Ο δε Λυκούργος Λογοθέτης, μαζί με άλλους Καρμανιόλους, κρίνεταιεκρίθη «απόβλητος και απαράδεκτος εις την Πατρίδα» από την πρώτη Γενική Συνέλευση του νέου καθεστώτος.
Μετά από διετή παραμονή στην [[Τήνος|Τήνο]] έρχεταιμετέβη στο [[Ναύπλιο]] και εν συνεχεία εγκαθίσταταιεγκαταστάθηκε οριστικά στην [[Αθήνα]]. ΕισέρχεταιΕισήλθε στο [[Όθων Α΄ της Ελλάδας|οθωνικό]] περιβάλλον και τιμάταιτιμήθηκε από το Ελληνικόνεοσύστατο Βασίλειοβασίλειο για την προσφορά του στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας. Το 1836 λαμβάνειέλαβε τοντο στρατιωτικό βαθμό του συνταγματάρχη στη [[Βασιλική φάλαγγα|Βασιλική Φάλαγγα]] και το 1837 διορίζεταιδιορίστηκε Σύμβουλος της Επικρατείας. Στις 15 Νοεμβρίου 1843 ορκίζεταιορκίστηκε μαζί με τον [[Σταμάτης Γεωργιάδης|Σταμάτη Γεωργιάδη]] πληρεξούσιος [[Σάμος|Σάμου]] στην [[Εθνοσυνέλευση του 1843-1844]], και στις 27 Νοεμβρίου είναιυπήρξε υποψήφιος στηνκατά την αναθεωρητική ψηφοφορία της ΙΔ΄ συνεδρίασης για την ανάδειξη της επιτροπής σύνταξης Συντάγματος. Στις 16 Ιουνίου 1844 διορίζεταιδιορίστηκε [[Γερουσία|γερουσιαστής]] και το 1847 προβιβάζεταιπροβιβάστηκε υποστράτηγοςσε υποστράτηγο της [[Βασιλική φάλαγγα|Βασιλικής Φάλαγγας]]. ΠέθανεΑπεβίωσε «εξ αποστεώσεως των βαλβίδων της καρδίας» στις 21 Μαΐου/2 Ιουνίου 1850.
