Το [[1948]] ίδρυσαν τη Σπίθα οι Γιάννης Παγώνης, Νικολάτος και Ζέρβας και οι δυο τελευταίοι διετέλεσαν και πρόεδροι του συλλόγου. Μια γάτα (ή κατ' άλλους ένα σκυλάκι<ref> Χρ. Λεβέντης, "Μια Σπίθα σκέτη φλόγα", εφ. "Έθνος", 13/6/1985.</ref>) που τριγύριζε στο καφενείο που σύχναζαν και τη φώναζαν "Σπίθα", τους έδωσε την ιδέα να ονομάσουν έτσι και το σύλλογό τους. Το [[1950]] ο σύλλογος αναγνωρίστηκε από το Πρωτοδικείο και εντάχθηκε στη δύναμη της Δόκιμης κατηγορίας των ανεξάρτητων σωματείων της [[Ε.Π.Σ. Πειραιά]]. Το [[1956]] αναγνωρίστηκε επίσημα από την [[Ε.Π.Ο.]] με Αριθμό Μητρώου Ε.Π.Ο. 580<ref>[https://epslarissa.wordpress.com/αμ-επο/επσα-επσπ-επσμ/ ΑΜ ΕΠΟ συλλόγων των τριών αρχαιότερων Ενώσεων epslarissa.wordpress.com]{{Dead link|date=Ιουνίου 2020 }}</ref><ref>[https://www.epspeir.gr/teams/display_team.php?team_id=27 epspeir.gr]</ref> και εντάχθηκε στα πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ. Πειραιά, ξεκινώντας την επίσημη αγωνιστική του δράση από την Δ' Κατηγορία την περίοδο [[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1956-57|1956-57]].
Το [[1956]] αναγνωρίστηκε επίσημα από την [[Ε.Π.Ο.]] με Αριθμό Μητρώου Ε.Π.Ο. 580<ref>[https://epslarissa.wordpress.com/αμ-επο/επσα-επσπ-επσμ/ ΑΜ ΕΠΟ συλλόγων των τριών αρχαιότερων Ενώσεων epslarissa.wordpress.com]{{Dead link|date=Ιουνίου 2020 }}</ref><ref>[https://www.epspeir.gr/teams/display_team.php?team_id=27 epspeir.gr]</ref> και εντάχθηκε στα πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ. Πειραιά, ξεκινώντας την επίσημη αγωνιστική του δράση από την Δ' Κατηγορία την περίοδο [[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1956-57|1956-57]]. Την επόμενη περίοδο ([[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1957-58|19581957-58]],) αναδείχθηκε πρωταθλήτρια και ανέβηκε στη Γ΄ κατακτώντας τον πρώτο της τίτλο. Το [[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1960-61|1961]] αναδείχθηκε πρωταθλήτρια και ανέβηκε στη Β' και το [[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1963-64|1964]] κατέκτησε επίσης το πρωτάθλημα και κέρδισε την άνοδο στην Α' κατηγορία. Το 1976 κατέκτησε για πρώτη φορά το [[Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Πειραιά#Κύπελλο|Κύπελλο ΕΠΣΠ]] επικρατώντας στον τελικό με 3-0 του [[Ηρακλής Νίκαιας|Ηρακλή Νίκαιας]] και τοπροκρίθηκε στο [[Κύπελλο Ελλάδας ερασιτεχνών ποδοσφαίρου|Κύπελλο Ελλάδας ερασιτεχνών]], όπου αποκλείστηκε εκτός έδρας στην [[Έδεσσα]] με 1-0 από τον [[Α.Σ. Εδεσσαϊκός|Εδεσσαϊκό]]. Στον αγώνα αυτό στο [[Δημοτικό Στάδιο Έδεσσας|Εθνικό Στάδιο Έδεσσας]] η Σπίθα Νίκαιας με προπονητή τον Νίκο Γιαννακό παρατάχθηκε ως εξής: Προγούλης, Ηλιόπουλος, Μπρίλης, Σκαμάγκας, Καπάτσος, Φωκιανός, Νικολαΐδης, Ι. Μαρκουλής, Μ. Μαρκουλής και Τσεμπελής.<ref>''"Η ΣΠΙΘΑ ΝΙΚΑΙΑΣ ΑΠΕΚΛΕΙΣΘΗ ΑΠΟ ΤΟ ΚΥΠΕΛΛΟ"'', εφ. Αθλητική Ηχώ, 23/4/1976, σελ. 2</ref> Το [[Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1984-85|1985]] κατέκτησε το πρωτάθλημα και ανέβηκε στην [[Δ΄ Εθνική ποδοσφαίρου αντρών|Δ΄ Εθνική κατηγορία]].
Στην Δ΄ Εθνική παρέμεινε για δύο σεζόν, όποτε και το 1987 υποβιβάστηκε. Μέχρι τότε δεν είχε υποβιβαστεί ποτέ σε κατώτερη κατηγορία, από το 1956 που εντάχθηκε επίσημα στην ΕΠΣΠ! Από το 1987 αγωνίζεται στο τοπικό πρωτάθλημα Πειραιά.
