Τα χρώματα της σημαίας θεωρούνται πανσλαβικά, στην πραγματικότητα όμως προέρχονται από το Δουκάτο της Καρνιόλας, το εθνόσημο του οποίου αποτελούνταν από έναν γαλάζιο αετό σε λευκό φόντο με ένα χρυσοκόκκινο μισοφέγγαρο.
Το σημερινό τρίχρωμο σχέδιο δημιουργήθηκε το [[1848]], όταν από μία ομάδα φοιτητών από τη [[Λιουμπλιάνα]] πήρε τα χρώματα από το εθνόσημο της Καρνιόλας και τα ταίριασε έτσι, ώστε να μοιάζουν με τη [[σημαία της Ρωσίας]]. Για πρώτη φορά φάνηκε σε κτήριο στις [[7 Απριλίου]] [[1848]] κοντά στην πλατεία Πρεσερέν, στη [[Λιουμπλιάνα]]. Στη συνέχεια αναγνωρίστηκε από την αυστριακή κυβέρνηση ως επίσημη σημαία της Καρνιόλας. Το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα το σχέδιο με τα τρία χρώματα αναγνωρίστηκε ως σημαία όλων των Σλοβένων. Την περίοδο της ιταλικής κατοχής ήταν απαγορευμένη, ενώ το [[1945]] προστέθηκε στη σημαία το σοσιαλιστικό αστέρι. Έπειτα από την ανεξαρτησία της Σλοβενίας από τη [[Γιουγκοσλαβία]], ένα νέο εθνόσημο μπήκε στη σημαία και το αστέρι έφυγε. Η σημαία επίσημα καθιερώθηκε στις [[27 Ιουνίου]] [[1991]].
