Εμβρυογένεση είναι το σύνολο των διαδικασιών που απαιτούνται για να αναπτυχθεί ένα έμβρυο. Από το γονιμοποιημένο ωάριο έως την εκκόλαψη (ψάρια, ερπετά, αμφίβια, πτηνά) ή τη γέννηση (θηλαστικά) μεσολαβεί ένα χρονικό διάστημα, κατά το οποίο τα κύτταρα του νέου οργανισμού αυξάνουν σε μέγεθος και αριθμό και διαφοροποιούνται, σχηματίζοντας δομές που τελικά θα δώσουν όργανα ή συστήματα οργάνων. Η εμβρυογένεση διαφέρει για κάθε είδος οργανισμού. Παρά το γεγονός ότι ορισμένα βασικά στάδια (βλαστίδιο, γαστρίδιο, νευρίδιο κλπ.) είναι περίπου τα ίδια, η ποικιλομορφία των οργανισμών επιβάλλει μια σειρά παραλλαγών στις διαδικασίες που απαιτούνται για να σχηματιστεί το έμβρυο του καθενός.