Ο [[Κικέρων]] αναφέρει πως όταν κλήθηκε να ανέβει στο θρόνο ο Πτολεμαίος ΙΒ' ήταν ένα αγόρι στη [[Συρία]]. Πιθανολογείται πως όταν παλαιότερα είχε σταλεί ο μετέπειτα φαραώ Πτολεμαίος ΙΑ' στην [[Κως|Κω]], μαζί του βρισκόταν και τα δύο νόθα αγόρια του Πτολεμαίου Θ', όπου και αιχμαλωτίστηκαν από το [[Μιθριδάτης Στ' του ΠόντουΕυπάτωρ|Μιθριδάτη Στ' του Πόντου]] το [[88 π.Χ.]] Αυτό ίσως να αποτελεί εξήγηση του γιατί ο [[Αππιανός]] υποστήριξε πως οι δύο κόρες του Μιθριδάτη νυμφεύθηκαν το βασιλιά της Αιγύπτου και της Κύπρου. Ωστόσο αυτό το γεγονός είναι δύσκολο να τοποθετηθεί κάπου ιστορικά. Ένα πιθανό σενάριο είναι να ήθελε εξαρχής ο Μιθριδάτης να ανεβάσει στο θρόνο τα δύο αγόρια, ως αντιπολίτευση της Ρώμης και του δικού της εκλεκτού, του Πτολεμαίου ΙΑ', οπότε ένας λογικός τρόπος να τους δέσει με τα δικά του συμφέροντα να ήταν ο γάμος με τις κόρες του. Όπως και να έγιναν τα πράγματα, κατά την άνοδό του στο θρόνο ο Πτολεμαίος ΙΒ' νυμφεύθηκε την Κλεοπάτρα Τρύφαινα, γνωστή ως [[Κλεοπάτρα Ε' της Αιγύπτου|Κλεοπάτρα Ε']], η καταγωγή της οποίας δεν είναι εξακριβωμένη. Επρόκειτο μάλλον για αδερφή του από τον ίδιο πατέρα ή ξαδέρφη του και κόρη του [[Πτολεμαίος Ι' Αλέξανδρος|Πτολεμαίου Ι']].
