Κατά την βασιλεία του ασθενικού Γρηγόριου ΙΔ΄, ο οποίος υπέφερε από κρίσεις [[ελονοσία|ελονοσίας]], το φορτίο της παπικής διοίκησης έπεσε στους ώμους του. Ακόμα και πριν ο Γρηγόριος ΙΔ΄ πνεύσει τα λοίσθια, Ισπανικές και αντισπανικές φατρίες έκαναν προεκλογική προπαγάνδα για τον επόμενο Πάπα. Η αυταρχική παρεμβολή του [[Φίλιππος Β΄Β' της Ισπανίας|Φιλίππου Β΄ της Ισπανίας]]]] (1556-1598) στο προηγούμενο [[Παπικό κογκλάβιο|κογκλάβιο]] δεν ξεχάσθηκε: Έλεγχε όλους εκτός από επτά καρδινάλιους. Αυτή την περίοδο το Ισπανικό κόμμα στο [[Κολλέγιο των Καρδιναλίων]] δε έφθασε σε τέτοιο σημείο, αλλά ακόμη έλεγχαν μια πλειοψηφία, και μετά από ένα σύντομο κογκλάβιο αννέβασαν τον φατσινέττι στον παπικό θρόνο ως Πάπα Ιννοκέντιο Θ΄. Επιμελής στην προέλευση της επιτυχίας του, Ο Ιννοκέντιος Θ΄ υποστήριξε, κατά την δίμηνη παπική θητεία του, την υπόθεση του Φιλίππου Β΄ και την [[Καθολική Ένωση (Γαλλία)|Καθολική Λίγκα]] εναντίον του [[Ερρίκος Δ΄της Γαλλίας|Ερρίκου Δ΄της Γαλλίας]] (1589-1610) στουςς εμφύλιους [[Γαλλικοί Θρησκευτικοί Πόλεοι|Θρησκευτικούς Πολέμους]] (1562-1598), όπου ένας παπικός στρατός ήταν στο πεδίο. Ο Θάνατος, όμως, δεν επέτρεψε την πραγματοποίηση των σχεδίων του Ιννοκέντιου Θ΄.
