Ως '''αυτοάνοσες ασθένειες''' (autoimmune diseases) ορίζονται εκείνες οι ασθένεις που προκαλούνται από υπερβολική και λανθασμένη απόκριση του [[Ανοσοποιητικό_σύστημα|ανοσοποιητικού συστήματος]] έναντι στον ίδιο τον ορνασισμόοργανισμό<ref>{{cite web|url=http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2007/MB_cgi?mode=&term=autoimmune+diseases&field=entry |title= Αutoimmune diseases |publisher=National Library of Medicine |accessdate=23 January 2011}}</ref>. Το ανοσοποιητικό σύστημα έχει εξελιχθεί έτσι ώστε να μας προστατεύει απέναντι σε οποιοδήποτε ξένο σώμα/μόριο που μπορεί να εισβάλλει στον οργανισμό μας (π.χ. ένας ιός) και ταυτόχρονα να μην δραστηροποιείταιδραστηριοποιείται εναντίον μας - να μην καταστρέφει τα π.χ. νευρικά μας κύτταρα. ΣτηΣτην περίπτωση που παρουσιαστεί μια βλάβη ή δυσλειτουργία και το ανοποποητικό μαςανοσοποητικό σύστημα εκλάβει ένα μόριο του σώματός μαςσώματος σαν ξένο, τότε θα επιχειρήσει να το εξουδετερώσει ή να το καταστρέψει (επιτελώντας απλά και μόνο τον εξελιχτικόεξελικτικό του ρόλο) προκαλώντας μικρή η μεγάλη βλάβη. Επομένως, οι αυτοάνοσες ασθένειες είναι η ακριβώς αντίθετη περίπτωση της [[Ανοσολογική_ανεπάρκεια|ανοσολογικής ανεπάρκειας]], η οποία προκαλείται από υπολειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος.
Οι αυτοάνοσες ασθένειες απαντώνται συχνά στην βιβλιογραφία και με τους όρους φλεγμονώδεις παθήσεις (inflammatory diseases), ρευματικές παθήσεις (rheumatic diseases) και αντιδράσεις υπερευαισθησίας (hypersensitivity reactions)<ref>{{cite book |first= Kenneth M. Murphy |coauthors= Paul Travers, Mark Walport |title= Janeway’s Immunobiology |edition= 7η |publisher= Garland Science |year= 2007 |month= November |pages=583-610 |isbn= 978-0-8153-4123-9}}</ref>.
