Μετά την απελευθέρωση έρχεται η ΑΕΚ ξεκινά από την Β' κατηγορία παρόλο που πριν τον πόλεμο έπαιζε στην Α'<ref name="sta8opoulos"/> . Στην Α' ανέβηκε πάλι την περίοδο 1948-49 αλλά υποβιβάστηκε την ίδια χρονιά<ref name="sta8opoulos"/>. Το 1950 πολλοί ποδοσφαιριστές φεύγουν στον Ολυμπιακό Πατρών με επακόλουθο την έλειψη παικτών και την επόμενη περίοδο να δηλώσει συμμετοχή στην Β' κατηγορία<ref name="peloponisos"/> . Την δεκαετία του 60΄θεωρούνταν από τις μεγάλες δυνάμεις του τοπικού ποδοσφαίρου<ref name="lefkoma"> ''Λεύκωμα :1880-1980 , 100 χρόνια Πατραϊκό Ποδόσφαιρο'', Έκδοση Οργανισμός Νεολαίας & Άθλησης Δήμου Πατρέων, Πάτρα 2006</ref>. Το 1969-70 επιστρέφει στην Α' όπου παρέμεινε έως 1994-95 με ένα διάλειμμα όπου έπαιξε την περίοδο 1982-83 στην Β' κατηγορία<ref name="sta8opoulos"/>.
Στην Α' κατηγορία επέστρεψε το 1999-00 και το 2002-03 υποβιβάστηκε στην Β΄και την περίοδο 2003-04 παίζει στην Γ΄για πρώτη φορά από το 1929 που ιδρύθηκε<ref name="sta8opoulos"/>. Το δεύτερο και τελευταίο πρωτάθλημα η ΑΕΚ το κατέκτησε την περίοδο 1980-81 όταν σε πρωτάθλημα δύο ομίλων νίκησε στον τελικό του πρωταθλήματος τον πρωταθλητή του άλλου ομίλου [[Α.Π.Σ. Εθνικός Πατρών|Εθνικό]] στα πέναλτι<ref name="sta8opoulos"/>.
