Στη Γερμασόγεια έχουν ανασκαφήανασκαφεί πολλοί προϊστορικοί τάφοι αλλά δεν έχουν βρεθεί ίχνη οικισμού. Πότε χτίστηκε ο αρχικός οικισμός είναι άγνωστο, από ερείπια κτιρίων πιστεύεται ότι υπήρχε πριν τον μεσαίωνα. Στον μεσαίωνα έχουμε τις πρώτες γραπτές μαρτυρίες, η περιοχή τότε ανήκε στη κουμανταρία των Ναϊτών ιπποτών. Τον 13ο αιώνα υπήρχε κάστρο, άγνωστο που αφού σήμερα δεν διασώζονται ερείπια. Οι κύριες ασχολίες των κατοίκων ήταν η γεωργία και η κτηνοτροφία ενώ καλλιεργούνταν και εσπεριδοειδή . Το [[1960]] άρχιζε να κτίζεται τα πρώτα σπίτια στη παραλία της Γερμασόγειας, στον Ποταμό Γερμασόγειας όπως λέγεται. Το [[1974]] δέχτηκε την εγκατάσταση προσφύγων με ραγδαία αύξηση του πληθυσμού της.
Το όνομα της προέρχεται από τις λέξεις Ιερά Και Μεσόγεια. Το Ιερά γιατί έχει πολλούς ναούς, και το Μεσόγεια επειδή το χωρίο απέχει μικρή απόσταση από την θάλασσα.
