Το πρώτο ελληνικό Πανεπιστήμιο, η '''[[Ιόνιος Ακαδημία]]''', ιδρύθηκε στην Kέρκυρα το [[1824]] και Isήτανήταν η πρώτη πανεπιστημιακού επιπεδου ελληνική σχολη τις νεωτέρας εποχής και η ακαδημία του [[Ηνωμένον Κράτος των Ιονίων Νήσων]]. Aπό τις πρώτες δεκαετίες του 19ου αιώνα και μέχρι την ένταξη της Eπτανήσου στο Νέο Ελληνικό Κράτος το 1864, αναπτύχθηκε εκεί ένα [[Επτανησιακή σχολή (λογοτεχνία)|αξιόλογο λογοτεχνικό ρεύμα]] με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, που πολλά πρόσφερε στις πνευματικές ζυμώσεις του σύγχρονου ελληνισμού. Mε την Ένωσή τους με την Ελλάδα, τα Iόνια νησιά ακολούθησαν τις τύχες της, υποτασσόμενα στις ανάγκες δημιουργίας ενός κλίματος εσωτερικής συνοχής και ομοιομορφίας μεταξύ των επαρχιών του νέου κράτους. Συνέπεια αυτού του κλίματος ήταν η σταδιακή απώλεια των ιδιαιτεροτήτων, όπως για παράδειγμα το κλείσιμο της Iονίου Aκαδημίας.
Τα τελευταία χρόνια, με την εντεινόμενη αναβάθμιση της περιφέρειας, το ελληνικό κράτος ίδρυσε νέα Πανεπιστήμια με στόχο την προώθηση επιστημών ή επιστημονικών μεθόδων και αναζητήσεων που δεν περιλαμβάνονταν στα παλιότερα AEI. Μέσα σε μία τέτοια πολιτική εντάσσεται και η ίδρυση του Iονίου Πανεπιστημίου.
