Γεννήθηκε στην [[Αθήνα]] το 1961. Πατέρας του είναι ο [[Αιγυπτιώτες|Αιγυπτιώτης]] Γεώργιος Βαρουφάκης,<ref name="enet2012">[http://www.enet.gr/?i=news.el.article&id=346924 Γ. Ι. Βαρουφάκης, «Το Αιγαίο, το πετρέλαιο και η κοινή εκμετάλλευση».] ''Ελευθεροτυπία'', 28.2.2013, σελ. 12.</ref><ref>{{cite news|title=Ο πατέρας του Βαρουφάκη είναι ο πρόεδρος της Χαλυβουργικής!|url=http://www.topontiki.gr/article/94743/O-pateras-tou-Baroufaki-einai-o-proedros-tis-Xalubourgikis-Photo|accessdate=10 February 2015|newspaper=Το Ποντίκι|date=30/01/2015}}</ref>, γεννημένος στο [[Κάιρο]] το 1925, χημικός, πανεπιστημιακός και πρόεδρος της Χαλυβουργικής ο οποίος είχε φυλακιστεί και εξοριστεί στη [[Μακρόνησος|Μακρόνησο]] για τις αριστερές του πεποιθήσεις.<ref name=ola>[http://www.iefimerida.gr/news/82999/%CF%84%CE%B9-%CE%BB%CE%AD%CE%B5%CE%B9-%CE%BF-%CE%B3%CE%B9%CE%AC%CE%BD%CE%BD%CE%B7%CF%82-b%CE%B1%CF%81%CE%BF%CF%85%CF%86%CE%AC%CE%BA%CE%B7%CF%82-%CE%B3%CE%B9%CE%B1-%CF%84%CE%B1-cds-%CF%84%CE%BF%CF%85-%CE%B1%CE%BD%CF%84%CF%81%CE%AF%CE%BA%CE%BF%CF%85-%CF%80%CE%B1%CF%80%CE%B1%CE%BD%CE%B4%CF%81%CE%AD%CE%BF%CF%85-%CF%84%CE%B7-%CE%BC%CE%B1%CF%81%CE%B3%CE%B1%CF%81%CE%AF%CF%84%CE%B1-%CE%BA%CE%B1%CE%B9-%CF%84%CE%BF%CE%BD-%CE%B3%CE%B9%CF%8E%CF%81 Ο Bαρουφάκης μιλάει για όλα], ανακτήθηκε 28-01-2015.</ref> Ως μαθητής, είχε δάσκαλο σε ιδιαίτερα μαθήματα τον φιλόλογο [[Πέτρος Μώραλης|Πέτρο Μώραλη]], μετέπειτα Υπουργό του [[ΠΑΣΟΚ]] και πατέρα του σημερινού Δημάρχου Πειραιά [[Γιάννης Μώραλης|Γιάννη Μώραλη]].<ref name=ola /> Σπούδασε Μαθηματικά και Οικονομικά στο Πανεπιστήμιο του Έσεξ και του [[Μπέρμιγχαμ]] της Βρετανίας, κάνοντας τη [[Διδακτορικό δίπλωμα|διδακτορική]] του διατριβή στην οικονομική θεωρία, στο [[Πανεπιστήμιο του Έσεξ]]. Για να γίνει δεκτός στο Πανεπιστήμιο του Έσεξ, πήρε συστατική επιστολή από τον Έλληνα πρωθυπουργό [[Ανδρέας Παπανδρέου|Ανδρέα Παπανδρέου]] (με την ιδιότητά του ως καθηγητή Οικονομικών), τον οποίο γνώριζε από τα παιδικά του χρόνια μέσω του Μώραλη.<ref name=ola />
