Στο κύπελλο Κύπρου 1961-62 συμμετείχαν 12οι ομάδες του πρωταθλήματος [[Α΄ κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου 1961-62|Α΄ κατηγορίας 1961-62]] και 4 από τιςοι ομάδες του πρωταθλήματος [[Β΄ κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου 1961-62|Β΄ κατηγορίας 1961-62]]. Διεξήχθη σε 45 γύρους με το σύστημα νοκ-άουτ. Οι αγώνες ήταν μονοί και διεξάγονταν στην έδρα της ομάδας που είχε κληρωθεί ως γηπεδούχος. Σε περίπτωση ισοπαλίας διεξαγόταν επαναληπτικός στην έδρα της άλλης ομάδας.<ref name=":0">{{harvnb|Γαβριηλίδης|Παπαμωυσέως|2001|p=72}}</ref>
