Η διατροφή του Φιδαετού είναι πολύ εξειδικευμένη. Τρέφεται κατά 9584% με [[φίδι]]α, ενώ το υπόλοιπο ποσοστό είναι τρωκτικά (5%), σαύρες (4%) και μικρές χελώνες (4%).<ref>{{Cite journal|url = |title = Feeding habits and provisioning rate of breeding short-toed eagles Circaetus gallicus in northeastern Greece|last = Bakaloudis, ηD.E. & C.G. Vlachos|first = |date = 2011|journal = Journal of Biological Research, 16, 166-176.|accessdate = |doi = }}</ref> H ανατομία των ποδιών του είναι προσαρμοσμένη σ’αυτό (βλ. Μορφολογία): και οι φολίδες λειτουργούν προστατευτικά στα δαγκώματα -διότι δεν είναι απρόσβλητος στο δηλητήριο των φιδιών-, ενώ οι κοντοί γαμψώνυχες είναι εξαιρετικά βολικοί στη σύλληψη και συγκράτηση των ολισθηρών τους σωμάτων.<ref name="Χανδρινός & Δημητρόπουλος, σ. 80"/><ref name="Κιόρτσης, σ. 163"/> Προτιμάει να επιτίθεται σε μη δηλητηριώδη φίδια (Elaphe sp., Coluber sp., Natrix sp., κ.α.), αλλά έχουν καταγραφεί επιθέσεις και σε δηλητηριώδη (Vipera sp.). Στην περιοχή της [[Δαδιά]]ς, τα μισά περίπου από τα φίδια που συμπεριλαμβάνονται στη διατροφή του Φιδαετού, είναι [[Νερόφιδο|Νερόφιδα]] (Natrix natrix) και ακολουθούνται από [[Σαπίτης|Σαπίτες]] (Malpolon insignitus).<ref name="D.E. Bakaloudis et al">D.E. Bakaloudis et al</ref>
[[Αρχείο:Natrix natrix persa3.jpg|thumb|right|300px|Νερόφιδο, από τα είδη που προτιμάει ο Φιδαετός]]
