Η πιο λαμπρή σελίδα μέχρι τότε στην ιστορία του Αετού γράφτηκε την περίοδο 1990-91. Η ομάδα αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της στο πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής κατηγορίας και κατόρθωσε να παραμείνει σε αυτήν . τερμάτισε στην 12η θέση ενώ νίκη σταθμός για τη σωτηρία της ομάδας υπήρξε το 0-1 επί του Εργοτέλη μέσα στο Μαρτινέγκο καθώς και η σημαντικότατη παρουσία του προπονητή Κώστα Πετράκη στον πάγκο της ομάδας.
Η 2η χρονιά του Αετού(1991-92) δε στέφθηκε με ανάλογη επιτυχία καθώς η ομάδα τερμάτισε στη 13η θέση και υποβιβάστηκε στην Α’ κατηγορία τοπικού. Καθοριστικό ρόλο στον υποβιβασμό έπαιξε ο περιβόητος αγώνας με τον [[Π.Α.Σ.Α. Ηρόδοτος|Ηρόδοτο]], όπου επανελήφθη 5 φορές και τελικά έχασε ο Αετός με 0-1. Ιστορική αλλά χωρίς αντίκρισμα η μεγάλη νίκη του Αετού επί του [[Α.Ο. Χανιά|Α.Ο. Χανίων]] με 4-1.[[Αρχείο:Δ εθνική.jpg|frame|Η πρώτη ομάδα στη Δ' Εθνική.]]
Την περίοδο 1992-93 ο Αετός αγωνίστηκε στην Α’ κατηγορία τοπικού όπου αναδείχθηκε αήττητος πρωταθλητής , επίτευγμα μοναδικό στην Α’ κατηγορία Ρεθύμνου. Έσπασε όλα τα ρεκόρ καθώς σε πρωτάθλημα 12 ομάδων είχε 18 νίκες και 4 ισοπαλίες με καλύτερη επίθεση (77 γκολ) και καλύτερη άμυνα (15 γκολ). Πρώτος σκόρερ αναδείχθηκε ο Γιώργος Σακαβέλης με 39 γκόλ ενώ και η παρουσία του Κώστα Καλπακίδη στον πάγκο της ομάδας έπαιξε καταλυτικό ρόλο στην επίτευξη των παραπάνω ρεκόρ.
Την περίοδο 1993-94 ο Αετός αγωνίστηκε ξανά στο πρωτάθλημα της Δ’ εθνικής αλλά δεν κατάφερε να παραμείνει στην κατηγορία με αποτέλεσμα τον υποβιβασμό του στην Α’ κατηγορία τοπικού. Παρέμεινε στην κατηγορία τις δύο επόμενες περιόδους. Και τις δύο αυτές περιόδους ( 1994-95,1995-96) τερμάτισε στην 11η θέση.
Την περίοδο 1996-97 διοικητικά και οικονομικά προβλήματα δεν επέτρεψαν στην ομάδα να λάβει μέρος στο πρωτάθλημα, σκηνικό που επαναλήφθηκε έως τη σεζόν 2001-02 καθιστώντας επί της ουσίας τον όμιλο ανενεργό.
== Δεκαετία 2000: Επανασύσταση και επάνοδος της ομάδας ==
Την περίοδο 2002-03 μια ομάδα Ανωγειανών αποτελούμενη από τους Τάσο Σταυρακάκη, Κώστα Μέμο, Μιχάλη Κουνάλη, Βασίλη Νταγιαντά, Άρη Μανουρά, Βαγγέλη Βρέντζο, Νίκο Σαλούστρο, Βασίλη Σμπώκο και Ευριπίδη Χαιρέτη ανασυκρότησαν τον Αετό ο οποίος μετά από μια απουσία έξι αγωνιστικών περιόδων επέστρεψε στην αγωνιστική δράση συμμετέχοντας στην Β’ κατηγορία τοπικού όπου κατέλαβε τη 2η θέση με 59 βαθμούς , ενώ την περίοδο 2003-04 καταλαμβάνει την 3η θέση με 71 βαθμούς.[[Αρχείο:Ξανα.jpg|frame|Η πρώτη ομάδα της νέας εποχής.]]
