Με μια άλλη υποδιαίρεση οι λίμνες κατατάσσονται σε εξωγενείς και ενδογενείς όπου οι τελευταίες περιλαμβάνουν τις λίμνες πούπου σχηματίζονται σε κοιλώματα που προέρχονται από ρήξεις πτυχές και ηπειρογενετικές κινήσεις δηλ. τις τεκτονικές λίμνες. Άλλοι μελετητές πάλι συνδυάζουν τα γεωγραφικά κριτήρια, δηλαδή τα χαρακτηριστικά των περιοχών όπου υπάρχουν λίμνες με τα γεωλογικά κριτήρια δηλαδή τον τρόπο προέλευσης των κοιλωμάτων όπου σχηματίζονται οι λίμνες. Έτσι διακρίνουν λίμνες παγετωνικής προέλευσης, λίμνες κοιλάδας, λίμνες πεδιάδας, λίμνες στεπών και ερήμων, λίμνες πηγών που αναβλύζουν, λίμνες ηφαιστείων, λίμνες υποπάγιες, λίμνες τεκτονικές και λίμνες παράκτιες. Τέλος οι λίμνες χωρίζονται σε ανοικτές και κλειστές. Αν τα νερά της λίμνης διαρρέουν προς μια χαμηλότερη περιοχή διαμέσου ενός ποταμού τότε η λίμνη λέγεται ανοιχτή. Αν αντίθετα οι μόνες απώλειες νερού της λίμνης είναι αυτές που οφείλονται στην εξάτμιση ή σε πιθανές διεισδύσεις του νερού στο έδαφος, τότε η λίμνη λέγεται κλειστή.
