Ο Νεφελούδης αναφέρει ότι κατά την παραμονή του στην Αχτίνα Θ' συγκρούστηκε σφοδρά με τον Νίκο Ζαχαριάδη, πράξη για την οποία θεώρησε ότι οδηγήθηκε στην περιθωριοποίησή του μέσα στις φυλακές και αργότερα τη διαγραφή του από το ΚΚΕ.<ref>{{harvnb|Νεφελούδης|2007}}.</ref>. Επίσης αναφέρει ότι η διαγραφή του από μέλος του ΚΚΕ έγινε τον Οκτώβριο του 1945 για διαφωνίες με τον Ζαχαριάδη<ref>{{harvnb|Νεφελούδης|2007}} σελ 22</ref>. Αντίθετα ο [[Γιώργης Τρικαλινός]] αναφέρει ότι στο 7ο συνέδριο του ΚΚΕ, ο Νεφελούδης δεν αποκαταστάθηκε ως μέλος του ΚΚΕ λόγω της στάσης του στις φυλακές της Κέρκυρας<ref>[http://efimeris.nlg.gr/ns/pdfwin_ftr.asp?c=65&pageid=23995&id=-1&s=0&STEMTYPE=0&STEM_WORD_PHONETIC_IDS=AAiASVASNASeASNASTASXASdASMASPASaAAi&CropPDF=0 εφημερίδα Ριζοσπάστης, Φύλλο: 1/3/1975, Σελίδα: 5]</ref>.
