Οι κάτοικοι των Γρεβενών αλλά και οι Έλληνες μικρασιατικής καταγωγής (καθώς ο Αιμιλιανός ήταν Μικρασιάτης), τον τιμούν ως ιεροεθνομάρτυρα. ΤοΣτη μνήμη του, το χωριό Γκριντάδες μετονομάστηκε σε ''Αιμιλιανός'' και το Σχίνοβο σε ''Δεσπότης'', καθώς στο δάσος μεταξύ αυτών μαρτύρησε. Στο ακριβές σημείο όπου δολοφονήθηκε κατασκευάστηκε ναός και κενοτάφιο, όπου τελείται θεία Λειτουργία και Τρισάγιο το πρώτο Σάββατο του Οκτωβρίου κάθε έτους. Επίσης, το κοντινό χωριό ''Λιμπίνοβο'' μετονομάστηκε σε ''Διάκος'' στη μνήμη του διακόνου Δημητρίου που μαρτύρησε μαζί με τον Μητροπολίτη Αιμιλιανό.
Προς τιμήν του Αιμιλιανού Γρεβενών, οδοί που φέρουν το όνομά του βρίσκονται στη [[Νέα Σμύρνη]] και τη [[Νέα Ιωνία Αττικής|Νέα Ιωνία]], στη [[Θεσσαλονίκη]], τη [[Σταυρούπολη Θεσσαλονίκης|Σταυρούπολη]], την [[Καλαμαριά]] και, το [[Δήμος Πανοράματος|Πανόραμα]], καθώς και σετην [[Κομοτηνή]], την [[Κοζάνη]], και την [[Καστοριά]]. Προτομές του υπάρχουν στα Γρεβενά, στην κεντρική πλατεία ''Αιμιλιανού'', καθώς και στην οδό Αριστοτέλους της Θεσσαλονίκης που ανεγέρθηκε από Μικρασιάτες συμπατριώτες του. ΟΑκόμη, ανδριάντας του ανεγέρθηκε στο Επισκοπείο Γρεβενών.
