Το νέο Σύνταγμα που αυθαίρετα συντάχτηκε στην Κωνσταντινούπολη. από τους εκεί πρεσβευτές της Επτανήσου Πολιτείας, προκάλεσε την γενική δυσαρέσκεια. Το νέο κράτος θα ήταν υποτελές στον Σουλτάνο, οι ευγενείς έβλεπαν με δυσαρέσκεια την μερική έστω εκχώρηση προνομίων τους στους αστούς και ο λαός οργίστηκε με την αφαίρεση των πολιτικών του δικαιωμάτων που του είχαν παραχωρηθεί από τους Γάλλους δημοκρατικούς. Ταραχές και στάσεις ξέσπασαν στα νησιά. Εκδικήσεις και υποκινούμενοι φόνοι διατάρασσαν την ασφάλεια και την τάξη. Στην Ζάκυνθο ο [[Μαρτινέγκος]] αφαίρεσε την εξουσία από τους ευγενείς κα διοικούσε το νησί κατά βούληση κηρύσσοντας το ανεξάρτητο. Όταν η Γερουσία έστειλε Τούρκικα πλοία για να επιβάλουν την τάξη ο Μαρτινέγκος ανάθεσε την στρατιωτική διοίκηση στον αξιωματικό του Βρετανικού στρατού Κάλλεντερ ενώ άνθρωποί του ύψωσαν στο κάστρο την Βρετανική Σημαία στις 24 Φεβρουαρίου 1801.Στην Κεφαλονιά ξέσπασε εμφύλιος ενώ στις 27 Μαίου 1801 ολέθρια στάση ξέσπασε στην Κέρκυρα ανάμεσα στους κατοίκους και στρατιώτες της Τούρκικης φρουράς, εξαναγκάζοντας τον Πρίγκιπα Θεοτόκη να αναθέσει προσωρινά την στρατιωτική διοίκηση του νησιού στον Ρώσο συνταγματάρχη Αστφέρ.
