Ο Εργοτέλης διαχρονικά διατηρούσε ισχυρό τμήμα ποδοσφαίρου γυναικών, τις ''Νέες Εργοτέλη'', που εκπροσωπούσε τον Σύλλογο στο πρωτάθλημα της [[Α΄Πρωτάθλημα ΕθνικήΕλλάδας ποδοσφαίρου γυναικών|Α΄ Εθνικής]] για πολλά χρόνια. Την τρέχουσα περίοδο αγωνίζεται στην [[Γ΄ Κατηγορία ποδοσφαίρου γυναικών Ελλάδας|Γ΄ Κατηγορία]] μετά από απόφαση εκκαθάρισης του τμήματος από τους υπευθύνους του Συλλόγου το 2016. Είναι η πιο επιτυχημένη ομάδα ποδοσφαίρου γυναικών στην [[Κρήτη]], έχοντας τερματίσει στην 4η θέση του [[Α΄Πρωτάθλημα ΕθνικήΕλλάδας ποδοσφαίρου γυναικών|Πρωταθλήματος]] παράλληλα με την παρουσία της στα ημιτελικά του [[Κύπελλο Ελλάδας (ποδόσφαιρο γυναικών)|Κυπέλλου]] τη σεζόν 2015−16.<ref>{{cite web|publisher=ekriti.gr|title=Στους "4" του Κυπέλλου Ελλάδος οι Νέες Εργοτέλη |url=http://www.ekriti.gr/athlitika-podosfairo/stoys-4-toy-kypelloy-ellados-oi-nees-ergoteli#sthash.LiPOoNSC.dpbs|date=23 Μαρτίου 2016}}</ref> Ως εκ τούτου, πολλές από τις αθλήτριες του Συλλόγου έχουν κατα καιρούς κληθεί στην [[Εθνική Ελλάδας (ποδόσφαιρο γυναικών)|Εθνική ομάδα]].
Το 2015, ο Εργοτέλης ίδρυσε και δεύτερο γυναικείο αγωνιστικό τμήμα, τον ''Γ.Σ. Εργοτέλη'', στελεχώνοντάς το κυρίως με νεαρές αθλήτριες από τις ακαδημίες του Συλλόγου. Την τρέχουσα περίοδο, η ομάδα αγωνίζεται στο πρωτάθλημα της [[Β΄ Κατηγορία ποδοσφαίρου γυναικών Ελλάδας|Β' Εθνικής]], κατακτώντας το πρωτάθλημα της [[Γ΄ Κατηγορία ποδοσφαίρου γυναικών Ελλάδας|Γ΄ Κατηγορίας]] στην παρθενική της εμφάνιση, και συνεχίζοντας έτσι την παράδοση του Εργοτέλη στο γυναικείο ποδόσφαιρο.
