Ιδρύθηκε κατά τα μέσα του [[14ος αιώνας|14ου αιώνα]] σε χώρο που πιθανώς να φιλοξενούσε παλαιότερο ναό, από τοντους κρητικής καταγωγής μητροπολίτη Θεσσαλονίκηςαδελφούς [[Δωρόθεος Βλαττής|Δωρόθεο Βλαττή]] και τον αδελφό του [[Μάρκος Βλαττής|Μάρκο Βλάττη]], μαθητές του [[Γρηγορίου Παλαμά]]. Οι πρώτες ιστορικές αναφορές στηγια τη Μονή Βλαττάδων γίνονται το 1405 στο οδοιπορικό του [[Ρωσία|Ρώσου]] περιηγητή [[Ιγνατίος του Σμολένσκ|Ιγνατίου του Σμολένσκ]]. Κατά τον 15ο αιώνα η μονή γνώρισε μεγάλη ακμή. Μετά [[Οι τρεις αλώσεις της Θεσσαλονίκης|την άλωση της Θεσσαλονίκης]] οι [[Οθωμανοί|Τούρκοι]] της έδωσαν κάποια προνόμια, που επικυρώθηκαν και με [[φιρμάνι]] του [[Μωάμεθ Β΄ ο Πορθητής|Μωάμεθ Β΄]] το 1446. Σύμφωνα με παράδοση του 16ου αιώνα, η προνομιακή αυτή μεταχείριση οφειλόταν στη βοήθεια που είχαν προσφέρει οι μοναχοί της στους Τούρκους για την άλωση της πόλεως. Εξάλλου, από ορισμένα κτίσματα οθωμανικής τεχνοτροπίας φαίνεται ότι τον 16ο αιώνα στη μονή εγκαταστάθηκαν Τούρκοι. Το 1633, με [[σιγίλλιο]] του Πατριάρχη [[Κύριλλος Λούκαρις|Κυρίλλου Λούκαρι]], η Μονή Βλαττάδων προσαρτήθηκε ως [[μετόχιο]] στη [[Μονή Ιβήρων]] του [[Άγιον Όρος|Αγίου Όρους]]. Το 1801 ανακαινίσθηκε το καθολικό της μονής, αλλά το 1870 μια πυρκαγιά κατέστρεψε μέρος της, συμπεριλαμβανόμενης και της βιβλιοθήκης. Οι ζημιές επισκευάσθηκαν με έξοδα του [[Οικουμενικό Πατριαρχείο|Οικουμενικού Πατριαρχείου]].<ref>[http://www.orthodoxia.gr/show.cfm?id=1129&obcatid=3 Ιερά Βασιλική, Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή Βλατάδων Θεσσαλονίκης - orthodoxia.gr]</ref>
