Οι επιστήμονες πιστεύουν πως οι Ιάπωνεςιαπωνεσ ως ενιαίο σύνολο προέρχονται από πολλές ομάδες, οι οποίες μετανάστευσαν στα νησιά από άλλα σημεία της Ασίας, στα οποία περιλαμβάνονται η [[Κίνα]] και η [[Κορέα (περιοχή)|Κορέα]]. Οι [[αρχαιολογία|αρχαιολογικές]] έρευνες, ωστόσο, υποδεικνύουν πως τα ιαπωνικά νησιά κατοικούνταν ήδη από το 30.000 [[Π.Κ.Ε.]]. Αυτό ακολουθήθηκε στην αρχή της περιόδου Τζόμον (περίπου 14.000 πΧ) από ένα [[μεσολιθική περίοδος|μεσολιθικό]] προς [[νεολιθική περίοδος|νεολιθικό]] ημινομαδικό πολιτισμό [[Κυνηγός-συλλέκτης|κυνηγών και τροφοσυλλέκτων]], που περιλαμβάνουν τους προγόνους των σύγχρονων [[Αϊνού]] και [[Γιαμάτο]],<ref>{{cite journal|last=Matsumara|first=Hirofumi; Dodo, Yukio|url=https://www.jstage.jst.go.jp/article/ase/117/2/117_080325/_article |title=Dental characteristics of Tohoku residents in Japan: implications for biological affinity with ancient Emishi|journal=Anthropological Science|year=2009|volume=117|issue=2|pages=95–105|doi=10.1537/ase.080325|last2=Dodo|first2=Yukio}}</ref><ref>{{cite journal|last=Hammer|first=Michael F., et al|url=http://www.nature.com/jhg/journal/v51/n1/abs/jhg20068a.html |title=Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes|journal=Journal of Human Genetics|year=2006|volume=51|issue=1|pages=47–58|doi=10.1007/s10038-005-0322-0|pmid=16328082|last2=Karafet|first2=TM|last3=Park|first3=H|last4=Omoto|first4=K|last5=Harihara|first5=S|last6=Stoneking|first6=M|last7=Horai|first7=S}}</ref> και χαρακτηρίζεται από κατοικίες λάκκους και στοιχειώδεις καλλιέργειες.<ref>{{cite web|last=Travis|first=John|title= Jomon Genes|url=http://www.pitt.edu/~annj/courses/notes/jomon_genes.html|publisher=University of Pittsburgh|accessdate=15 Ιανουαρίου 2011}}</ref> Διακοσμημένα πήλινα αγγεία αυτής της περιόδου αποτελούν μερικά από τα παλαιότερα σωζόμενα ίχνη αγγειοπλαστικής στο κόσμο. Περίπου το 300 π.Χ., οι Γιαγιόι άρχισαν να φτάνουν στα ιαπωνικά νησιά και να αναμειγνύονται με τους Τζόμον.<ref>{{cite book|last=Denoon|first=Donald; Hudson, Mark|title=Multicultural Japan: palaeolithic to postmodern|publisher=Cambridge University Press|year=2001|isbn=0-521-00362-8|pages=22–23}}</ref> Η περίοδος Γιαγιόι αρχίζει περίπου το 500 π.Χ. και κατά τη διάρκειά της άρχισε η καλλιέργεια σε ορυζώνες,<ref>{{cite web|title=Road of rice plant|url=http://www.kahaku.go.jp/special/past/japanese/ipix/5/5-25.html|publisher=[[National Science Museum of Japan]]|accessdate=15 Ιανουαρίου 2011}}{{dead link|date=June 2015}}</ref> νέος ρυθμός διακόσμησης αγγείων<ref>{{cite web|title=Kofun Period|url=http://www.metmuseum.org/toah/hd/kofu/hd_kofu.htm|publisher=Metropolitan Museum of Art|accessdate=15 Ιανουαρίου 2011}}</ref> και η [[μεταλλουργία]], που εισήχθη από την Κίνα και την Κορέα.<ref>{{cite web|title=Yayoi Culture|url=http://www.metmuseum.org/toah/hd/yayo/hd_yayo.htm|publisher=Metropolitan Museum of Art|accessdate=15 Ιανουαρίου 2011}}</ref>
Η Ιαπωνία εμφανίζεται για πρώτη φορά στη γραφόμενη ιστορία στο κινεζικό βιβλίο [[Χανσού]].<ref>{{cite book | last=Takashi | first=Okazaki | last2=Goodwin | first2=Janet | title=The Cambridge history of Japan, Volume 1: Ancient Japan | year=1993 | publisher=Cambridge University Press | location=Cambridge | isbn=0-521-22352-0 | page=275 | chapter=Japan and the continent}}</ref> Σύμφωνα με τα [[Χρονικά των Τριών Βασιλείων]], το πιο ισχυρό βασίλειο στο αρχιπέλαγος κατά τον 3ο αιώνα ονομαζόταν Γιαματαϊκόκου. Ο [[Βουδισμός]] εισήχθη στην Ιαπωνία από τον Μπαεκτζέ της Κορέας, αλλά η μετέπειτα ανάπτυξη του ιαπωνικού βουδισμού επηρεάστηκε κυρίως από τη Κίνα.<ref>{{cite book |editor=Brown, Delmer M.|year=1993 |title=The Cambridge History of Japan |publisher=Cambridge University Press |pages=140–149}}</ref> Παρά τις αρχικές αντιστάσεις, ο Βουδισμός προήχθη στις εξουσιάζουσες τάξεις και είχε ευρεία αποδοχή ξεκινώντας από τη περίοδο Ασούκα (592-710).<ref>{{cite book |title=The Japanese Experience: A Short History of Japan |first=William Gerald|last=Beasley |publisher=University of California Press |year=1999 |page=42 |isbn=0-520-22560-0 }}</ref>
