Το 493 π.Χ., οι Πέρσες κατέλαβαν τη Χίο, τη Λέσβο και την Τένεδο, αφού σκότωσαν και πολλούς φυγάδες.<ref name = VI31>Ηρόδοτος, [[s:Ιστορίαι (Ηροδότου)/Ερατώ#31|Ερατώ 31]]</ref> Σύμφωνα με την πάγια πρακτική των Περσών απέναντι σε επαναστάτες, οι Ίωνες τιμωρήθηκαν χωρίς οίκτο. Οι πόλεις και οι ναοί τους καταστράφηκαν από τα θεμέλεια. Ανθρώπινες αλυσσίδεςαλυσίδες έζωσαν κάθε νησί, συλλαμβάνοντας όλους ανεξαιρέτως τους κατοίκους από τους οποίους οι άνδρες εκτελέστηκαν όλοι εκτός από τα πιο ωραία αγόρια τα οποία έκαναν ευνούχους. Τα πιο όμορφα κορίτσια στάλθηκαν στο χαρέμι του βασιλικού ανακτόρου και οι υπόλοιποι κάτοικοι μεταφέρθηκαν στη Μεσοποταμία ή σε άλλες μακρινές περιοχές της αυτοκρατορίας.<ref name="Boardman et al, σελ. 488-489"/><ref name = VI32>Ηρόδοτος, [[s:Ιστορίαι (Ηροδότου)/Ερατώ#32|Ερατώ 32]]</ref> Ο περσικός στρατός κατέλαβε την ασιατική πλευρά της Προποντίδας και ο στόλος την ευρωπαϊκή ακτή του Ελλησπόντου, βάζοντας τέλος στην Ιωνική Επανάσταση.<ref name = VI33>Ηρόδοτος, [[s:Ιστορίαι (Ηροδότου)/Ερατώ#33|Ερατώ 33]]</ref> Ο [[Μιλτιάδης]], φοβούμενος την εκδίκηση των Περσών, κατέφυγε στην Αθήνα.
