Διοικητικά τα Αγκίδια υπάγονταν μέχρι το 1997 στην επαρχία και το δήμο Νάξου στον οποίο παρέμειναν και μετά τις αλλαγές που επιβλήθηκαν στην τοπική αυτοδιοίκηση μέσω του [[Σχέδιο «Καποδίστριας»|σχεδίου ''Καποδίστριας'']]. Από το 2011 υπάγονται στη δημοτική ενότητα Νάξου του [[Δήμος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων|δήμου Νάξου και Μικρών Κυκλάδων]]<ref name="dhmos" />.